Identification et caractérisation d'éléments génétiques chez Aeromonas salmonicida permettant le suivi géographique des souches causant la furonculose - Emond Rheault, Jean-Guillaume (Université Laval, 2015)
Aeromonas salmonicida sous-espèce salmonicida est un agent pathogène opportuniste responsable chaque année d’importantes pertes économiques pour les aquaculteurs de Salmonidés. Dans cette étude, plusieurs analyses ont été effectuées dans l’objectif de trouver une méthode pour distinguer entre différents isolats de cette bactérie au niveau génomique. Suite à l’alignement chromosomique des souches A449 et 01-B526, trente-deux altérations génomiques ont été répertoriées et elles peuvent être classées en cinq groupes : séquences d’insertions (13), séquences répétées en tandem (12), séquences insérées dans des gènes (5), site de polymorphisme multi-évènementiel (1) et îlot génomique (AsaGEI1a) (1). Des criblages PCR et des séquençages génomiques ont révélé l’existence de trois autres îlots génomiques (AsaGEI1b; AsaGEI2a; AsaGEI2b). Chaque AsaGEI est hautement spécifique à une région géographique. Les AsaGEI(1a; 2a) sont seulement observés en Amérique du Nord et les AsaGEI(1b; 2b) en Europe. Dans ces travaux, plusieurs marqueurs pouvant permettre d’identifier l’origine géographique des souches pathogènes ont été découverts. === Aeromonas salmonicida sous-espèce salmonicida est un agent pathogène opportuniste responsable chaque année d’importantes pertes économiques pour les aquaculteurs de Salmonidés. Dans cette étude, plusieurs analyses ont été effectuées dans l’objectif de trouver une méthode pour distinguer entre différents isolats de cette bactérie au niveau génomique. Suite à l’alignement chromosomique des souches A449 et 01-B526, trente-deux altérations génomiques ont été répertoriées et elles peuvent être classées en cinq groupes : séquences d’insertions (13), séquences répétées en tandem (12), séquences insérées dans des gènes (5), site de polymorphisme multi-évènementiel (1) et îlot génomique (AsaGEI1a) (1). Des criblages PCR et des séquençages génomiques ont révélé l’existence de trois autres îlots génomiques (AsaGEI1b; AsaGEI2a; AsaGEI2b). Chaque AsaGEI est hautement spécifique à une région géographique. Les AsaGEI(1a; 2a) sont seulement observés en Amérique du Nord et les AsaGEI(1b; 2b) en Europe. Dans ces travaux, plusieurs marqueurs pouvant permettre d’identifier l’origine géographique des souches pathogènes ont été découverts. === Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is an opportunistic pathogen, which causes significant economic loss in salmonid aquaculture. In this work, analyses were conducted with the objective to find a way to distinguish between different isolates of the bacterium at the genomic level. Following the chromosomal alignment between A449 and 01-B526 strains, thirty-two genomic alterations were found and were classified in five groups: insertion sequences (13), tandem repeat sequences (12), CDS-modeling sequences (5), multi-event polymorphism site (1) and genomic island (AsaGEI1a) (1). PCR assays and genomic sequencing revealed the existence of four forms (AsaGEI(1a; 1b; 2a; 2b)) of the genomic island. Each GEI appeared to be strongly associated with a specific geographic region. AsaGEI(1a; 2a) were exclusively found in North American isolates and AsaGEI(1b; 2b) in those from Europe. In this study, several indicators useful to identify the geographical origin of pathogenic strains of this bacterium were discovered. === Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is an opportunistic pathogen, which causes significant economic loss in salmonid aquaculture. In this work, analyses were conducted with the objective to find a way to distinguish between different isolates of the bacterium at the genomic level. Following the chromosomal alignment between A449 and 01-B526 strains, thirty-two genomic alterations were found and were classified in five groups: insertion sequences (13), tandem repeat sequences (12), CDS-modeling sequences (5), multi-event polymorphism site (1) and genomic island (AsaGEI1a) (1). PCR assays and genomic sequencing revealed the existence of four forms (AsaGEI(1a; 1b; 2a; 2b)) of the genomic island. Each GEI appeared to be strongly associated with a specific geographic region. AsaGEI(1a; 2a) were exclusively found in North American isolates and AsaGEI(1b; 2b) in those from Europe. In this study, several indicators useful to identify the geographical origin of pathogenic strains of this bacterium were discovered.