ANÁLISE FILOGENÔMICA E RECONSTRUÇÃO FILOGENÉTICA DO GÊNERO ENTEROCOCCUS

• Published in: Hematology, Transfusion and Cell Therapy
• Main Authors: MBC Mascarenhas, YVC Mascarenhas, VAS Ceballos, SC Soares
• Format: Article
• Language: English
• Published: Elsevier 2024-10-01
• Online Access: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2531137924024714

Objetivo: Realizar análises de filogenômica para posterior análises de plasticidade genômica em linhagens de Enterococcus. Materiais e métodos: Foram utilizados genomas de 31 espécies do gênero Enterococcus que se encontram depositados em um banco de dados público, o RefSeq do National Center for Biotechnology Information (NCBI) e os mesmos foram utilizados para selecionar os genomas de referência através de informações pré-fornecidas pelo NCBI. Com essas informações estabelecidas, utilizamos o software Gegenees, em que os genomas foram fragmentados utilizando um comprimento em pares de bases pré-definidas. E esses resultados foram plotados no software SplitsTree para inferência das árvores filogenéticas, facilitando a visualização. Resultados: O mapa de calor gerado pelo software Gegenees demonstra valores que indicam o grau de similaridade entre eles a nível de nucleotídeos, representados em cores. Após a fragmentação dos genomas, os mesmos foram alinhados e tiveram todas as suas partes comparadas contra todos os genomas incluídos na análise, resultando em 1.024 comparações. O resultado do Gegenees contou com 31 espécies do gênero Enterococcus mais um outgroup , totalizando 32 espécies. Discussão: O heatplot gerado demonstra baixa similaridade das espécies, por apresentarem coloração avermelhada, contudo cinco grupos se destacam por apresentarem maior similaridade, observados na coloração alaranjada. E, para melhor visualização, o resultado foi plotado no SplitsTree criando um dendograma. A árvore filogenética foi construída pelo método de Neighbor-Joining (NJ). As ramificações representam uma maior proximidade entre as espécies (fração correspondente às posições alinhadas). A formação dos 5 clados são os mesmos descritos no heatplot anterior, e o outgroup , representado pelo Streptococcus salivaris , como era de se esperar, não entrou na ramificação, servindo apenas para enraizar o dendograma. Conclusão: As espécies analisadas apresentam baixa similaridade entre si indicando que os organismos são geneticamente distintos e/ou evolutivamente distantes.