A comparative analysis of RNA-Seq and NanoString technologies in deciphering viral infection response in upper airway lung organoids
In this study, we delved into the comparative analysis of gene expression data across RNA-Seq and NanoString platforms. While RNA-Seq covered 19,671 genes and NanoString targeted 773 genes associated with immune responses to viruses, our primary focus was on the 754 genes found in both platforms. Ou...
| الحاوية / القاعدة: | Frontiers in Genetics |
|---|---|
| المؤلفون الرئيسيون: | Mostafa Rezapour, Stephen J. Walker, David A. Ornelles, Muhammad Khalid Khan Niazi, Patrick M. McNutt, Anthony Atala, Metin Nafi Gurcan |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
Frontiers Media S.A.
2024-06-01
|
| الموضوعات: | |
| الوصول للمادة أونلاين: | https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2024.1327984/full |
مواد مشابهة
Assessing concordance between RNA-Seq and NanoString technologies in Ebola-infected nonhuman primates using machine learning
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2025-04-01)
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2025-04-01)
NanoString Technology for Human Papillomavirus Typing
حسب: Mangalathu S. Rajeevan, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
حسب: Mangalathu S. Rajeevan, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
Cross-modal predictive modeling of multi-omic data in 3D airway organ tissue equivalents during viral infection
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
Targeted transcriptomic analysis of pancreatic adenocarcinoma in EUS-FNA samples by NanoString technology
حسب: L. Pedrosa, وآخرون
منشور في: (2023-05-01)
حسب: L. Pedrosa, وآخرون
منشور في: (2023-05-01)
Exploring the host response in infected lung organoids using NanoString technology: A statistical analysis of gene expression data.
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
MicroRNA profiling of low concentration extracellular vesicle RNA utilizing NanoString nCounter technology
حسب: Rachel E. Crossland, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Rachel E. Crossland, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
A Nanostring gene expression approach identifies aggressive clinical behavior related genes in dedifferentiated liposarcoma
حسب: Francesca Zalfa, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
حسب: Francesca Zalfa, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
MYB-NFIB gene fusions identified in archival adenoid cystic carcinoma tissue employing NanoString analysis: an exploratory study
حسب: John B. McIntyre, وآخرون
منشور في: (2019-07-01)
حسب: John B. McIntyre, وآخرون
منشور في: (2019-07-01)
Gene Expression Profiling of Mycosis Fungoides in Early and Tumor Stage—A Proof-of-Concept Study Using Laser Capture/Single Cell Microdissection and NanoString Analysis
حسب: Justine Lai, وآخرون
منشور في: (2021-11-01)
حسب: Justine Lai, وآخرون
منشور في: (2021-11-01)
Comparison of real-time PCR and nCounter NanoString techniques to validate copy number alterations in oral cancer
حسب: Rinal Chavda, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
حسب: Rinal Chavda, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
Helium Ion Microscope-Assisted Nanomachining of Resonant Nanostrings
حسب: Wei Zheng, وآخرون
منشور في: (2016-07-01)
حسب: Wei Zheng, وآخرون
منشور في: (2016-07-01)
Challenges and Lessons Learned from a Field Trial on the Understanding of the Porcine Respiratory Disease Complex
حسب: Elisa Crisci, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
حسب: Elisa Crisci, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
Analysis of Free Circulating Messenger Ribonucleic Acids in Serum Samples from Late-Onset Spinal Muscular Atrophy Patients Using nCounter NanoString Technology
حسب: Markus Leo, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
حسب: Markus Leo, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
In Vitro Evaluation of Glycoengineered RSV-F in the Human Artificial Lymph Node Reactor
حسب: Lars Radke, وآخرون
منشور في: (2017-08-01)
حسب: Lars Radke, وآخرون
منشور في: (2017-08-01)
NanoSTR: A method for detection of target short tandem repeats based on nanopore sequencing data
حسب: Jidong Lang, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Jidong Lang, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
Tissue gene expression analysis approach in a context of high technical and biological heterogeneity
حسب: Evan Bagley, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
حسب: Evan Bagley, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
Identification of common and specific fibrosis-related genes in three common chronic kidney diseases
حسب: Zhangning Fu, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Zhangning Fu, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
miRNA expression profiling of hereditary breast tumors from BRCA1- and BRCA2-germline mutation carriers in Brazil
حسب: Danielle Pessôa-Pereira, وآخرون
منشور في: (2020-02-01)
حسب: Danielle Pessôa-Pereira, وآخرون
منشور في: (2020-02-01)
A Moderate Blast Exposure Results in Dysregulated Gene Network Activity Related to Cell Death, Survival, Structure, and Metabolism
حسب: Katie A. Edwards, وآخرون
منشور في: (2020-02-01)
حسب: Katie A. Edwards, وآخرون
منشور في: (2020-02-01)
Emerging Molecular Technologies in Genitourinary Tumors
حسب: Francesca Giunchi, وآخرون
منشور في: (2018-10-01)
حسب: Francesca Giunchi, وآخرون
منشور في: (2018-10-01)
Gene expression profiling in PBMCs for acute rejection in lung transplant recipients reveals myeloid responses
حسب: Siqi Liu, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Siqi Liu, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
Co-stimulatory and co-inhibitory immune markers in solid tumors with MET alterations
حسب: Karen L Reckamp, وآخرون
منشور في: (2021-02-01)
حسب: Karen L Reckamp, وآخرون
منشور في: (2021-02-01)
Identification of Unique microRNA Profiles in Different Types of Idiopathic Inflammatory Myopathy
حسب: Sandra Muñoz-Braceras, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
حسب: Sandra Muñoz-Braceras, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
ISR mRNAs as potential blood biomarkers in patients with vanishing white matter
حسب: Ellen Oudejans, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Ellen Oudejans, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
Koalas vaccinated against Koala retrovirus respond by producing increased levels of interferon-gamma
حسب: Olusola Olagoke, وآخرون
منشور في: (2020-10-01)
حسب: Olusola Olagoke, وآخرون
منشور في: (2020-10-01)
Mapping of Dynamic Transcriptome Changes Associated With Silica-Triggered Autoimmune Pathogenesis in the Lupus-Prone NZBWF1 Mouse
حسب: Melissa A. Bates, وآخرون
منشور في: (2019-03-01)
حسب: Melissa A. Bates, وآخرون
منشور في: (2019-03-01)
Analysis of gene expression dynamics and differential expression in viral infections using generalized linear models and quasi-likelihood methods
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
Discovery of Innate Immune Response mRNAs That Are Impacted by Structure-Specific Oral Baker’s Yeast Beta Glucan Consumption
حسب: Brian K. McFarlin, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
حسب: Brian K. McFarlin, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
Long-Term Follow-Up of Gemogenovatucel-T (Vigil) Survival and Molecular Signals of Immune Response in Recurrent Ovarian Cancer
حسب: Rodney P. Rocconi, وآخرون
منشور في: (2021-08-01)
حسب: Rodney P. Rocconi, وآخرون
منشور في: (2021-08-01)
A Well-Controlled Experimental System To Study Interactions Of Cytotoxic T Lymphocytes With Tumor Cells
حسب: Natalie Jessica Neubert, وآخرون
منشور في: (2016-08-01)
حسب: Natalie Jessica Neubert, وآخرون
منشور في: (2016-08-01)
Analysis of Circulating Plasma MicroRNA Profile in Low-Grade and High-Grade Glioma – A Cross-Sectional Study [version 1; peer review: 2 approved, 1 approved with reservations, 1 not approved]
حسب: Sekar Safitri, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
حسب: Sekar Safitri, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
NanoCMSer: a consensus molecular subtype stratification tool for fresh‐frozen and paraffin‐embedded colorectal cancer samples
حسب: Arezo Torang, وآخرون
منشور في: (2025-05-01)
حسب: Arezo Torang, وآخرون
منشور في: (2025-05-01)
Scarring hidradenitis suppurativa with phrynoderma-like eruption, alopecia, and elevated interleukin 18
حسب: Frank Z. Jing, MD, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
حسب: Frank Z. Jing, MD, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
Downregulation of both mismatch repair and non-homologous end-joining pathways in hypoxic brain tumour cell lines
حسب: Sophie Cowman, وآخرون
منشور في: (2021-04-01)
حسب: Sophie Cowman, وآخرون
منشور في: (2021-04-01)
Gene Expression Analysis of Biphasic Pleural Mesothelioma: New Potential Diagnostic and Prognostic Markers
حسب: Rossella Bruno, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
حسب: Rossella Bruno, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
Similarities and differences in gene expression profiles of BRCA1 methylated and mutated epithelial ovarian cancers
حسب: Nora Sahnane, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
حسب: Nora Sahnane, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
Retrospective study of transcriptomic profiling identifies Thai triple-negative breast cancer patients who may benefit from immune checkpoint and PARP inhibitors
حسب: Monthira Suntiparpluacha, وآخرون
منشور في: (2023-06-01)
حسب: Monthira Suntiparpluacha, وآخرون
منشور في: (2023-06-01)
Emerging brain organoids: 3D models to decipher, identify and revolutionize brain
حسب: Yuli Zhao, وآخرون
منشور في: (2025-05-01)
حسب: Yuli Zhao, وآخرون
منشور في: (2025-05-01)
Integrative single-cell RNA-seq analysis of vascularized cerebral organoids
حسب: Yuya Sato, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
حسب: Yuya Sato, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
Human Pituitary Organoids: Transcriptional Landscape Deciphered by scRNA‐Seq and Stereo‐Seq, with Insights into SOX3's Role in Pituitary Development
حسب: Shengjie Wang, وآخرون
منشور في: (2025-04-01)
حسب: Shengjie Wang, وآخرون
منشور في: (2025-04-01)
مواد مشابهة
-
Assessing concordance between RNA-Seq and NanoString technologies in Ebola-infected nonhuman primates using machine learning
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2025-04-01) -
NanoString Technology for Human Papillomavirus Typing
حسب: Mangalathu S. Rajeevan, وآخرون
منشور في: (2021-01-01) -
Cross-modal predictive modeling of multi-omic data in 3D airway organ tissue equivalents during viral infection
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2025-09-01) -
Targeted transcriptomic analysis of pancreatic adenocarcinoma in EUS-FNA samples by NanoString technology
حسب: L. Pedrosa, وآخرون
منشور في: (2023-05-01) -
Exploring the host response in infected lung organoids using NanoString technology: A statistical analysis of gene expression data.
حسب: Mostafa Rezapour, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
