pyHiM: a new open-source, multi-platform software package for spatial genomics based on multiplexed DNA-FISH imaging
Abstract Genome-wide ensemble sequencing methods improved our understanding of chromatin organization in eukaryotes but lack the ability to capture single-cell heterogeneity and spatial organization. To overcome these limitations, new imaging-based methods have emerged, giving rise to the field of s...
| الحاوية / القاعدة: | Genome Biology |
|---|---|
| المؤلفون الرئيسيون: | Xavier Devos, Jean-Bernard Fiche, Marion Bardou, Olivier Messina, Christophe Houbron, Julian Gurgo, Marie Schaeffer, Markus Götz, Thomas Walter, Florian Mueller, Marcelo Nollmann |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
BMC
2024-02-01
|
| الموضوعات: | |
| الوصول للمادة أونلاين: | https://doi.org/10.1186/s13059-024-03178-x |
مواد مشابهة
Multiplexed chromatin imaging reveals predominantly pairwise long-range coordination between Drosophila Polycomb genes
حسب: Julian Gurgo, وآخرون
منشور في: (2024-05-01)
حسب: Julian Gurgo, وآخرون
منشور في: (2024-05-01)
A Novel Methodology for Characterizing Cell Subpopulations in Automated Time-lapse Microscopy
حسب: Georges Hattab, وآخرون
منشور في: (2018-02-01)
حسب: Georges Hattab, وآخرون
منشور في: (2018-02-01)
covNorm: An R package for coverage based normalization of Hi-C and capture Hi-C data
حسب: Kyukwang Kim, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
حسب: Kyukwang Kim, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
Fully automated viability and toxicity screening—A reliable all‐in‐one attempt
حسب: Victoria Liedtke, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Victoria Liedtke, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Tackling the challenges of bioimage analysis
حسب: Daniël M Pelt
منشور في: (2020-12-01)
حسب: Daniël M Pelt
منشور في: (2020-12-01)
On the objectivity, reliability, and validity of deep learning enabled bioimage analyses
حسب: Dennis Segebarth, وآخرون
منشور في: (2020-10-01)
حسب: Dennis Segebarth, وآخرون
منشور في: (2020-10-01)
Automated early ovarian cancer detection system based on bioinformatics
حسب: Li Xiao, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
حسب: Li Xiao, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
Novel dual gland GAN architecture improves human protein localization classification using salivary and pituitary gland inspired loss functions
حسب: Hanaa Salem Marie, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Hanaa Salem Marie, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
ACDC: Automated Cell Detection and Counting for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
حسب: Leonardo Rundo, وآخرون
منشور في: (2020-09-01)
حسب: Leonardo Rundo, وآخرون
منشور في: (2020-09-01)
Systematic analysis of cell morphodynamics in C. elegans early embryogenesis
حسب: Yusuke Azuma, وآخرون
منشور في: (2023-03-01)
حسب: Yusuke Azuma, وآخرون
منشور في: (2023-03-01)
3D chromatin interactions involving Drosophila insulators are infrequent but preferential and arise before TADs and transcription
حسب: Olivier Messina, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
حسب: Olivier Messina, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
Integrating images from multiple microscopy screens reveals diverse patterns of change in the subcellular localization of proteins
حسب: Alex X Lu, وآخرون
منشور في: (2018-04-01)
حسب: Alex X Lu, وآخرون
منشور في: (2018-04-01)
Influence of Substratum Hydrophobicity on the Geomicrobiology of River Biofilm Architecture and Ecology Analyzed by CMEIAS Bioimage Informatics
حسب: Frank B. Dazzo, وآخرون
منشور في: (2017-07-01)
حسب: Frank B. Dazzo, وآخرون
منشور في: (2017-07-01)
CMEIAS bioimage informatics that define the landscape ecology of immature microbial biofilms developed on plant rhizoplane surfaces
حسب: Frank B Dazzo, وآخرون
منشور في: (2015-10-01)
حسب: Frank B Dazzo, وآخرون
منشور في: (2015-10-01)
Multiplexed In Vivo Imaging with Fluorescence Lifetime‐Modulating Tags
حسب: Lina El Hajji, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
حسب: Lina El Hajji, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
Generative modeling of multi-mapping reads with mHi-C advances analysis of Hi-C studies
حسب: Ye Zheng, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
حسب: Ye Zheng, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
Multiple parameters shape the 3D chromatin structure of single nuclei at the doc locus in Drosophila
حسب: Markus Götz, وآخرون
منشور في: (2022-09-01)
حسب: Markus Götz, وآخرون
منشور في: (2022-09-01)
Advanced photoluminescent nanomaterials for targeted bioimaging of cancer cells
حسب: Tooba Mohammadi, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
حسب: Tooba Mohammadi, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
Hyperspectral Multiplexed Biological Imaging of Nanoprobes Emitting in the Short-Wave Infrared Region
حسب: A. Yakovliev, وآخرون
منشور في: (2019-07-01)
حسب: A. Yakovliev, وآخرون
منشور في: (2019-07-01)
The Art of Packaging the Sperm Genome: Molecular and Structural Basis of the Histone-To-Protamine Exchange
حسب: Lindsay Moritz, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
حسب: Lindsay Moritz, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
A Mitochondria-Targeting Fluorescent Probe for the Dual Sensing of Hypochlorite and Viscosity without Signal Crosstalk in Living Cells and Zebrafish
حسب: Chao Gao, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Chao Gao, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
An upgraded method of high-throughput chromosome conformation capture (Hi-C 3.0) in cotton (Gossypium spp.)
حسب: Jin Han, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Jin Han, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies
حسب: Betelehem Solomon Bera, وآخرون
منشور في: (2023-04-01)
حسب: Betelehem Solomon Bera, وآخرون
منشور في: (2023-04-01)
HiChIP and Hi-C Protocol Optimized for Primary Murine T Cells
حسب: Tomas Zelenka, وآخرون
منشور في: (2021-07-01)
حسب: Tomas Zelenka, وآخرون
منشور في: (2021-07-01)
(INVITED)Adjustable near-infrared fluorescence lifetime emission of biocompatible rare-earth-doped nanoparticles for in vivo multiplexing
حسب: Jingke Yao, وآخرون
منشور في: (2023-02-01)
حسب: Jingke Yao, وآخرون
منشور في: (2023-02-01)
“All in one” nanoprobe Au-TTF-1 for target FL/CT bioimaging, machine learning technology and imaging-guided photothermal therapy against lung adenocarcinoma
حسب: Zhe Yang, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
حسب: Zhe Yang, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
Research data management for bioimaging: the 2021 NFDI4BIOIMAGE community survey [version 1; peer review: 2 approved]
حسب: Stefanie Weidtkamp-Peters, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
حسب: Stefanie Weidtkamp-Peters, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
Single‐Cell Hi‐C Technologies and Computational Data Analysis
حسب: Madison A Dautle, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
حسب: Madison A Dautle, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
Progress of Luminescent Carbon Dots in Biomedicine Engineering
حسب: Guangxia Shen, وآخرون
منشور في: (2016-09-01)
حسب: Guangxia Shen, وآخرون
منشور في: (2016-09-01)
Ultrabright bimetallic AuAg complex: From luminescence mechanism to biological application
حسب: Junchi Chen, وآخرون
منشور في: (2020-09-01)
حسب: Junchi Chen, وآخرون
منشور في: (2020-09-01)
HPRep: Quantifying Reproducibility in HiChIP and PLAC-Seq Datasets
حسب: Jonathan D. Rosen, وآخرون
منشور في: (2021-09-01)
حسب: Jonathan D. Rosen, وآخرون
منشور في: (2021-09-01)
Comparative study on chromatin loop callers using Hi-C data reveals their effectiveness
حسب: H. M. A. Mohit Chowdhury, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: H. M. A. Mohit Chowdhury, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
Characterizing meiotic chromosomes' structure and pairing using a designer sequence optimized for Hi‐C
حسب: Héloïse Muller, وآخرون
منشور في: (2018-07-01)
حسب: Héloïse Muller, وآخرون
منشور في: (2018-07-01)
Unveiling Multi‐Scale Architectural Features in Single‐Cell Hi‐C Data Using scCAFE
حسب: Fuzhou Wang, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Fuzhou Wang, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
Emerging Fluorescent Nanoparticles for Non-Invasive Bioimaging
حسب: Asma Khalid, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
حسب: Asma Khalid, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
High-angular-sensitivity X-ray phase-contrast microtomography of soft tissue through a two-directional beam-tracking synchrotron set-up
حسب: Carlos Navarrete-León, وآخرون
منشور في: (2024-09-01)
حسب: Carlos Navarrete-León, وآخرون
منشور في: (2024-09-01)
Bacteria‐Based Living Probes: Preparation and the Applications in Bioimaging and Diagnosis
حسب: Hejin Jiang, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
حسب: Hejin Jiang, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
Overview of Syntheses and Molecular-Design Strategies for Tetrazine-Based Fluorogenic Probes
حسب: Sang-Kee Choi, وآخرون
منشور في: (2021-03-01)
حسب: Sang-Kee Choi, وآخرون
منشور في: (2021-03-01)
Radiolabeled Tracing Techniques Illuminating Blood Pharmacokinetics in Nanomedicine
حسب: Wenyao Zhou, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Wenyao Zhou, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
Adaptive Wave-Front Shaping and Beam Focusing through Fiber Bundles for High-Resolution Bioimaging
حسب: Matvey S. Pochechuev, وآخرون
منشور في: (2021-12-01)
حسب: Matvey S. Pochechuev, وآخرون
منشور في: (2021-12-01)
مواد مشابهة
-
Multiplexed chromatin imaging reveals predominantly pairwise long-range coordination between Drosophila Polycomb genes
حسب: Julian Gurgo, وآخرون
منشور في: (2024-05-01) -
A Novel Methodology for Characterizing Cell Subpopulations in Automated Time-lapse Microscopy
حسب: Georges Hattab, وآخرون
منشور في: (2018-02-01) -
covNorm: An R package for coverage based normalization of Hi-C and capture Hi-C data
حسب: Kyukwang Kim, وآخرون
منشور في: (2021-01-01) -
Fully automated viability and toxicity screening—A reliable all‐in‐one attempt
حسب: Victoria Liedtke, وآخرون
منشور في: (2024-06-01) -
Tackling the challenges of bioimage analysis
حسب: Daniël M Pelt
منشور في: (2020-12-01)
