Case study: Targeted RNA-sequencing of aged formalin-fixed paraffin-embedded samples for understanding chemical mode of action
Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples are the only remaining biological archive for many toxicological and clinical studies, yet their use in genomics has been limited due to nucleic acid damage from formalin fixation. Older FFPE samples with highly degraded RNA pose a particularly difficu...
| الحاوية / القاعدة: | Toxicology Reports |
|---|---|
| المؤلفون الرئيسيون: | Michael D. Cannizzo, Charles E. Wood, Susan D. Hester, Leah C. Wehmas |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
Elsevier
2022-01-01
|
| الموضوعات: | |
| الوصول للمادة أونلاين: | http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2214750022000956 |
مواد مشابهة
Establishment of a novel protocol for formalin-fixed paraffin-embedded organoids and spheroids
حسب: Shohei Yoshimoto, وآخرون
منشور في: (2023-05-01)
حسب: Shohei Yoshimoto, وآخرون
منشور في: (2023-05-01)
Comparison of triple-negative breast cancer molecular subtyping using RNA from matched fresh-frozen versus formalin-fixed paraffin-embedded tissue
حسب: Bojana Jovanović, وآخرون
منشور في: (2017-04-01)
حسب: Bojana Jovanović, وآخرون
منشور في: (2017-04-01)
A Novel Approach to Cell Blockistry - Comparison of Formalin Fixed Paraffin Embedded Method with Plasma Thrombin Method
حسب: Priyadarshini R, وآخرون
منشور في: (2025-10-01)
حسب: Priyadarshini R, وآخرون
منشور في: (2025-10-01)
LINCATRA: Two-cycle method to amplify RNA for transcriptome analysis from formalin-fixed paraffin-embedded tissue
حسب: Poorna Manasa Bhamidimarri, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Poorna Manasa Bhamidimarri, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Combinatorial and Machine Learning Approaches for Improved Somatic Variant Calling From Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Genome Sequence Data
حسب: Dollina D. Dodani, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
حسب: Dollina D. Dodani, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
Fabrication of Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded (FFPE) Circulating Tumor Cell (CTC) Block Using a Hydrogel Core-Mediated Method
حسب: Tae Hee Lee, وآخرون
منشور في: (2021-09-01)
حسب: Tae Hee Lee, وآخرون
منشور في: (2021-09-01)
The paraffin-embedded RNA metric (PERM) for RNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue
حسب: Joon-Yong Chung, وآخرون
منشور في: (2016-05-01)
حسب: Joon-Yong Chung, وآخرون
منشور في: (2016-05-01)
The Effect of Fibrosis on DNA Yield from Formalin Fixed Paraffin Embedded Tissues
حسب: Muhammad Naveed, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Muhammad Naveed, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Whole Transcriptome Profiling of Adrenocortical Tumors Using Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples
حسب: Norifusa Iwahashi, وآخرون
منشور في: (2022-02-01)
حسب: Norifusa Iwahashi, وآخرون
منشور في: (2022-02-01)
Utilization of formalin-fixed paraffin-embedded specimens for microbiota characterization in cancer: utility and concern
حسب: Leandro Di Gloria, وآخرون
منشور في: (2022-10-01)
حسب: Leandro Di Gloria, وآخرون
منشور في: (2022-10-01)
Histochemical and biochemical analysis of collagen content in formalin-fixed, paraffin embedded colonic samples
حسب: Nicholas Baidoo, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Nicholas Baidoo, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
Case report: Cutaneous anthrax diagnosed using mNGS of a formalin-fixed paraffin-embedded tissue sample
حسب: Jin Zhang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
حسب: Jin Zhang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
Comparison Approach for Identifying Missed Invasive Fungal Infections in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Autopsy Specimens
حسب: Sota Sadamoto, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
حسب: Sota Sadamoto, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
Generative and integrative modeling for transcriptomics with formalin fixed paraffin embedded material
حسب: Eliseos J. Mucaki, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
حسب: Eliseos J. Mucaki, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
Biomarker Analysis of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Clinical Tissues Using Proteomics
حسب: Ekenedirichukwu N. Obi, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Ekenedirichukwu N. Obi, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
Standard techniques for formalin-fixed paraffin-embedded tissue: A Pathologist’s perspective
حسب: Hadil B. Al-Sabaawy, وآخرون
منشور في: (2021-12-01)
حسب: Hadil B. Al-Sabaawy, وآخرون
منشور في: (2021-12-01)
Diagnostic Utility of Immunofluorescence on Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Skin Biopsy
حسب: Nipan Das, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Nipan Das, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Comparative analysis of asbestos body and fiber content in formalin-fixed vs. paraffin-embedded lung tissue
حسب: Barbara K. Kuhn, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Barbara K. Kuhn, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
A comprehensive assessment of exome capture methods for RNA sequencing of formalin-fixed and paraffin-embedded samples
حسب: Liang Zong, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Liang Zong, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
Performance of the Xpert MTB/RIF assay in the diagnosis of tuberculosis in formalin-fixed, paraffin-embedded tissues
حسب: Pascal Polepole, وآخرون
منشور في: (2017-01-01)
حسب: Pascal Polepole, وآخرون
منشور في: (2017-01-01)
Fluorescence In Situ Hybridization for Diagnosis of Whipple’s Disease in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue
حسب: Peter Braubach, وآخرون
منشور في: (2017-06-01)
حسب: Peter Braubach, وآخرون
منشور في: (2017-06-01)
Copy number analysis by low coverage whole genome sequencing using ultra low-input DNA from formalin-fixed paraffin embedded tumor tissue
حسب: Tanjina Kader, وآخرون
منشور في: (2016-11-01)
حسب: Tanjina Kader, وآخرون
منشور في: (2016-11-01)
Detection of cytogenomic abnormalities by OncoScan microarray assay for products of conception from formalin-fixed paraffin-embedded and fresh fetal tissues
حسب: Jiadi Wen, وآخرون
منشور في: (2021-04-01)
حسب: Jiadi Wen, وآخرون
منشور في: (2021-04-01)
Higher PD-L1 Immunohistochemical Detection Signal in Frozen Compared to Matched Paraffin-Embedded Formalin-Fixed Tissues
حسب: Hazem Ghebeh, وآخرون
منشور في: (2021-06-01)
حسب: Hazem Ghebeh, وآخرون
منشور في: (2021-06-01)
Towards Reliable Methodology: Microbiome Analysis of Fresh Frozen vs. Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Bladder Tissue Samples: A Feasibility Study
حسب: Dominik Enderlin, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Dominik Enderlin, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
Two complete 1918 influenza A/H1N1 pandemic virus genomes characterized by next-generation sequencing using RNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded autopsy lung tissue samples along with evidence of secondary bacterial co-infection
حسب: Yongli Xiao, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Yongli Xiao, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
Flow cytometric analysis for Ki67 assessment in formalin-fixed paraffin-embedded breast cancer tissue
حسب: Natsuki Sato, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
حسب: Natsuki Sato, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
Gene Expression Studies in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples of Cutaneous Cancer: The Need for Reference Genes
حسب: Omar García-Pérez, وآخرون
منشور في: (2021-11-01)
حسب: Omar García-Pérez, وآخرون
منشور في: (2021-11-01)
Evaluation and Comparison of Genomic DNA Extraction Methods and PCR Optimization on Archival Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissues of Oral Squamous Cell Carcinoma
حسب: Samar Saeed Khan, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
حسب: Samar Saeed Khan, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
Exploratory multi-cohort, multi-reader study on the clinical utility of a deep learning model for transforming cryosectioned to formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) images in breast lesion diagnosis
حسب: Xue Chao, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Xue Chao, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
Quantity and quality of nucleic acids extracted from archival formalin fixed paraffin embedded prostate biopsies
حسب: Jessica Carlsson, وآخرون
منشور في: (2018-12-01)
حسب: Jessica Carlsson, وآخرون
منشور في: (2018-12-01)
Microsporidial keratitis retrospectively diagnosed by ultrastructural study of formalin-fixed paraffin-embedded corneal tissue: a case report
حسب: Satoru Ueno, وآخرون
منشور في: (2019-06-01)
حسب: Satoru Ueno, وآخرون
منشور في: (2019-06-01)
Systematic review and feasibility study on pre-analytical factors and genomic analyses on archival formalin-fixed paraffin-embedded breast cancer tissue
حسب: Dimitrios Salgkamis, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
حسب: Dimitrios Salgkamis, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
A comparative analysis of RNA sequencing methods with ribosome RNA depletion for degraded and low-input total RNA from formalin-fixed and paraffin-embedded samples
حسب: Xiaojing Lin, وآخرون
منشور في: (2019-11-01)
حسب: Xiaojing Lin, وآخرون
منشور في: (2019-11-01)
Quantitative analysis of lncRNA in formalin-fixed paraffin-embedded tissues of oral squamous cell carcinoma
حسب: Kiran Kumar, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
حسب: Kiran Kumar, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
The Role of the <i>IGF2</i> Methylation Score in Diagnosing Adrenocortical Tumors with Unclear Malignant Potential—Feasibility of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue
حسب: Rebecca V. Steenaard, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Rebecca V. Steenaard, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
Technical challenges regarding the use of formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissue specimens for the detection of bacterial alterations in colorectal cancer
حسب: Suk Yee Lam, وآخرون
منشور في: (2021-10-01)
حسب: Suk Yee Lam, وآخرون
منشور في: (2021-10-01)
Detection of coxsackievirus A6 in formalin-fixed, paraffin-embedded skin biopsy specimens using immunohistochemistry and real-time reverse-transcriptase PCR
حسب: Amy M. Denison, وآخرون
منشور في: (2021-06-01)
حسب: Amy M. Denison, وآخرون
منشور في: (2021-06-01)
Comparison of Fresh Frozen Tissue With Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue for Mutation Analysis Using a Multi-Gene Panel in Patients With Colorectal Cancer
حسب: Xian Hua Gao, وآخرون
منشور في: (2020-03-01)
حسب: Xian Hua Gao, وآخرون
منشور في: (2020-03-01)
Evaluation Of DNA Extraction From Archieved Formalin-Fixed Paraffin Tissues (FFPT) By β-Globin Gene PCR.
حسب: Asaad Aljanabi, وآخرون
منشور في: (2014-12-01)
حسب: Asaad Aljanabi, وآخرون
منشور في: (2014-12-01)
مواد مشابهة
-
Establishment of a novel protocol for formalin-fixed paraffin-embedded organoids and spheroids
حسب: Shohei Yoshimoto, وآخرون
منشور في: (2023-05-01) -
Comparison of triple-negative breast cancer molecular subtyping using RNA from matched fresh-frozen versus formalin-fixed paraffin-embedded tissue
حسب: Bojana Jovanović, وآخرون
منشور في: (2017-04-01) -
A Novel Approach to Cell Blockistry - Comparison of Formalin Fixed Paraffin Embedded Method with Plasma Thrombin Method
حسب: Priyadarshini R, وآخرون
منشور في: (2025-10-01) -
LINCATRA: Two-cycle method to amplify RNA for transcriptome analysis from formalin-fixed paraffin-embedded tissue
حسب: Poorna Manasa Bhamidimarri, وآخرون
منشور في: (2024-06-01) -
Combinatorial and Machine Learning Approaches for Improved Somatic Variant Calling From Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Genome Sequence Data
حسب: Dollina D. Dodani, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
