An explainability framework for deep learning on chemical reactions exemplified by enzyme-catalysed reaction classification
Abstract Assigning or proposing a catalysing enzyme given a chemical or biochemical reaction is of great interest to life sciences and chemistry alike. The exploration and design of metabolic pathways and the challenge of finding more sustainable enzyme-catalysed alternatives to traditional organic...
| الحاوية / القاعدة: | Journal of Cheminformatics |
|---|---|
| المؤلف الرئيسي: | Daniel Probst |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
BMC
2023-11-01
|
| الموضوعات: | |
| الوصول للمادة أونلاين: | https://doi.org/10.1186/s13321-023-00784-y |
مواد مشابهة
Rxn-INSIGHT: fast chemical reaction analysis using bond-electron matrices
حسب: Maarten R. Dobbelaere, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Maarten R. Dobbelaere, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
Virtual screening and library enumeration of new hydroxycinnamates based antioxidant compounds: A complete framework
حسب: Jameel Ahmed Bhutto, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Jameel Ahmed Bhutto, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
ML meets MLn: Machine learning in ligand promoted homogeneous catalysis
حسب: Jonathan D. Hirst, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Jonathan D. Hirst, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
QuanDB: a quantum chemical property database towards enhancing 3D molecular representation learning
حسب: Zhijiang Yang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
حسب: Zhijiang Yang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
RedPred, a machine learning model for the prediction of redox reaction energies of the aqueous organic electrolytes
حسب: Murat Cihan Sorkun, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Murat Cihan Sorkun, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
An Explainable Fuzzy Framework for Assessing Preeclampsia Classification
حسب: Matías Salinas, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Matías Salinas, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
Pre Hoc and Co Hoc Explainability: Frameworks for Integrating Interpretability into Machine Learning Training for Enhanced Transparency and Performance
حسب: Cagla Acun, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
حسب: Cagla Acun, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
A Novel Coupled Reaction-Diffusion System for Explainable Gene Expression Profiling
حسب: Muhamed Wael Farouq, وآخرون
منشور في: (2021-03-01)
حسب: Muhamed Wael Farouq, وآخرون
منشور في: (2021-03-01)
Bayesian Optimization for Chemical Reactions
حسب: Jeff Guo, وآخرون
منشور في: (2023-02-01)
حسب: Jeff Guo, وآخرون
منشور في: (2023-02-01)
PARP1pred: a web server for screening the bioactivity of inhibitors against DNA repair enzyme PARP-1
حسب: Tassanee Lerksuthirat, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Tassanee Lerksuthirat, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
Deep-learning: investigating deep neural networks hyper-parameters and comparison of performance to shallow methods for modeling bioactivity data
حسب: Alexios Koutsoukas, وآخرون
منشور في: (2017-06-01)
حسب: Alexios Koutsoukas, وآخرون
منشور في: (2017-06-01)
AnoChem: Prediction of chemical structural abnormalities based on machine learning models
حسب: Changdai Gu, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Changdai Gu, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
Transformer-based models for chemical SMILES representation: A comprehensive literature review
حسب: Medard Edmund Mswahili, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
حسب: Medard Edmund Mswahili, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
A Comprehensive Comparative Analysis of Deep Learning Based Feature Representations for Molecular Taste Prediction
حسب: Yu Song, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
حسب: Yu Song, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
Predictive Toxicology: Modeling Chemical Induced Toxicological Response Combining Circular Fingerprints with Random Forest and Support Vector Machine
حسب: Alexios eKoutsoukas, وآخرون
منشور في: (2016-03-01)
حسب: Alexios eKoutsoukas, وآخرون
منشور في: (2016-03-01)
AmpClass: an Antimicrobial Peptide Predictor Based on Supervised Machine Learning
حسب: CARLOS MERA-BANGUERO, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
حسب: CARLOS MERA-BANGUERO, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
A Comparison between Explainable Machine Learning Methods for Classification and Regression Problems in the Actuarial Context
حسب: Catalina Lozano-Murcia, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Catalina Lozano-Murcia, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
Deepmol: an automated machine and deep learning framework for computational chemistry
حسب: João Correia, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: João Correia, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
An Explainable Radiomics-Based Classification Model for Sarcoma Diagnosis
حسب: Simona Correra, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Simona Correra, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
Automation of quantum dot measurement analysis via explainable machine learning
حسب: Daniel Schug, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
حسب: Daniel Schug, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
ReactionT5: a pre-trained transformer model for accurate chemical reaction prediction with limited data
حسب: Tatsuya Sagawa, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Tatsuya Sagawa, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
EXplainable Artificial Intelligence (XAI)—From Theory to Methods and Applications
حسب: Evandro S. Ortigossa, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
حسب: Evandro S. Ortigossa, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
Supporting Students’ Academic Performance Using Explainable Machine Learning with Automated Prescriptive Analytics
حسب: Gomathy Ramaswami, وآخرون
منشور في: (2022-09-01)
حسب: Gomathy Ramaswami, وآخرون
منشور في: (2022-09-01)
Expanding Predictive Capacities in Toxicology: Insights from Hackathon-Enhanced Data and Model Aggregation
حسب: Dmitrii O. Shkil, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
حسب: Dmitrii O. Shkil, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
Combining molecular and cell painting image data for mechanism of action prediction
حسب: Guangyan Tian, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Guangyan Tian, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
MATEO: intermolecular α-amidoalkylation theoretical enantioselectivity optimization. Online tool for selection and design of chiral catalysts and products
حسب: Paula Carracedo-Reboredo, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
حسب: Paula Carracedo-Reboredo, وآخرون
منشور في: (2024-01-01)
Explainable Machine Learning Framework for Image Classification Problems: Case Study on Glioma Cancer Prediction
حسب: Emmanuel Pintelas, وآخرون
منشور في: (2020-05-01)
حسب: Emmanuel Pintelas, وآخرون
منشور في: (2020-05-01)
Colon cancer diagnosis by means of explainable deep learning
حسب: Marcello Di Giammarco, وآخرون
منشور في: (2024-07-01)
حسب: Marcello Di Giammarco, وآخرون
منشور في: (2024-07-01)
Understanding cirrus clouds using explainable machine learning
حسب: Kai Jeggle, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Kai Jeggle, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
Explainable Convolutional Neural Networks for Brain Cancer Detection and Localisation
حسب: Francesco Mercaldo, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
حسب: Francesco Mercaldo, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
Explainable machine learning for public policy: Use cases, gaps, and research directions
حسب: Kasun Amarasinghe, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Kasun Amarasinghe, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
Explainable Artificial Intelligence (XAI): Concepts and Challenges in Healthcare
حسب: Tim Hulsen
منشور في: (2023-08-01)
حسب: Tim Hulsen
منشور في: (2023-08-01)
Knowledge distillation with resampling for imbalanced data classification: Enhancing predictive performance and explainability stability
حسب: Kazuki Fujiwara
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Kazuki Fujiwara
منشور في: (2024-12-01)
Explainable analysis of infrared and visible light image fusion based on deep learning
حسب: Bo Yuan, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
حسب: Bo Yuan, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
Prediction of the coefficient of linear thermal expansion for the amorphous homopolymers based on chemical structure using machine learning
حسب: Ekaterina Gracheva, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
حسب: Ekaterina Gracheva, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
Reply to Comment on ‘Physics-based representations for machine learning properties of chemical reactions’
حسب: Puck van Gerwen, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Puck van Gerwen, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
PTML models of self assembled ligand free nanoparticle catalysts for cross coupling reactions
حسب: Andrea Ruiz-Escudero, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Andrea Ruiz-Escudero, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
Effective depression detection and interpretation: Integrating machine learning, deep learning, language models, and explainable AI
حسب: Gazi Hasan Al Masud, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
حسب: Gazi Hasan Al Masud, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
Explainable Deep Learning: A Visual Analytics Approach with Transition Matrices
حسب: Pavlo Radiuk, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Pavlo Radiuk, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
Enhancing intrusion detection performance using explainable ensemble deep learning
حسب: Chiheb Eddine Ben Ncir, وآخرون
منشور في: (2024-09-01)
حسب: Chiheb Eddine Ben Ncir, وآخرون
منشور في: (2024-09-01)
مواد مشابهة
-
Rxn-INSIGHT: fast chemical reaction analysis using bond-electron matrices
حسب: Maarten R. Dobbelaere, وآخرون
منشور في: (2024-03-01) -
Virtual screening and library enumeration of new hydroxycinnamates based antioxidant compounds: A complete framework
حسب: Jameel Ahmed Bhutto, وآخرون
منشور في: (2023-07-01) -
ML meets MLn: Machine learning in ligand promoted homogeneous catalysis
حسب: Jonathan D. Hirst, وآخرون
منشور في: (2023-12-01) -
QuanDB: a quantum chemical property database towards enhancing 3D molecular representation learning
حسب: Zhijiang Yang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01) -
RedPred, a machine learning model for the prediction of redox reaction energies of the aqueous organic electrolytes
حسب: Murat Cihan Sorkun, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
