McClintock: An Integrated Pipeline for Detecting Transposable Element Insertions in Whole-Genome Shotgun Sequencing Data
Transposable element (TE) insertions are among the most challenging types of variants to detect in genomic data because of their repetitive nature and complex mechanisms of replication . Nevertheless, the recent availability of large resequencing data sets has spurred the development of many new met...
| الحاوية / القاعدة: | G3: Genes, Genomes, Genetics |
|---|---|
| المؤلفون الرئيسيون: | Michael G. Nelson, Raquel S. Linheiro, Casey M. Bergman |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
Oxford University Press
2017-08-01
|
| الموضوعات: | |
| الوصول للمادة أونلاين: | http://g3journal.org/lookup/doi/10.1534/g3.117.043893 |
مواد مشابهة
Reproducible evaluation of transposable element detectors with McClintock 2 guides accurate inference of Ty insertion patterns in yeast
حسب: Jingxuan Chen, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Jingxuan Chen, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
Review of Lee Kass's “From Chromosomes to Mobile Genetic Elements: The Life and Work of Nobel Laureate Barbara McClintock”
حسب: James A. Birchler
منشور في: (2025-04-01)
حسب: James A. Birchler
منشور في: (2025-04-01)
Scott McCLINTOCK, & John MILLER (eds.), Pynchon’s California
حسب: Gilles Chamerois
منشور في: (2018-10-01)
حسب: Gilles Chamerois
منشور في: (2018-10-01)
Plant Genomics <subtitle>From Mendel to McClintock and Beyond</subtitle>
حسب: Lynne Lederman
منشور في: (2005-09-01)
حسب: Lynne Lederman
منشور في: (2005-09-01)
Couro imperial: raça, gênero e sexualidade no embate colonial, Anne McClintock
حسب: Roberto Efrem Filho
منشور في: (2013-06-01)
حسب: Roberto Efrem Filho
منشور في: (2013-06-01)
Review of Scott McClintock and John Miller (eds), Pynchon’s California (Iowa: University of Iowa Press, 2014).
حسب: Sean Carswell
منشور في: (2015-03-01)
حسب: Sean Carswell
منشور في: (2015-03-01)
The good, the bad and the ugly of transposable elements annotation tools
حسب: Elgion L. S. Loreto, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
حسب: Elgion L. S. Loreto, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
Efficient homology‐based annotation of transposable elements using minimizers
حسب: Laura Natalia Gonzalez‐García, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Laura Natalia Gonzalez‐García, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
EpiTEome: Simultaneous detection of transposable element insertion sites and their DNA methylation levels
حسب: Josquin Daron, وآخرون
منشور في: (2017-05-01)
حسب: Josquin Daron, وآخرون
منشور في: (2017-05-01)
Editorial: The epigenetic control of transposable elements in development and in diseases
حسب: Jan Padeken, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
حسب: Jan Padeken, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
Characterization of active transposable elements and their new insertions in tuber propagated greater yam (Dioscorea alata)
حسب: Sajjad Ali Panhwar, وآخرون
منشور في: (2024-09-01)
حسب: Sajjad Ali Panhwar, وآخرون
منشور في: (2024-09-01)
TE Density: a tool to investigate the biology of transposable elements
حسب: Scott J. Teresi, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
حسب: Scott J. Teresi, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
Recent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
حسب: Emmanuelle Lerat
منشور في: (2022-05-01)
حسب: Emmanuelle Lerat
منشور في: (2022-05-01)
Horizontal transfer and proliferation of Tsu4 in Saccharomyces paradoxus
حسب: Casey M. Bergman
منشور في: (2018-06-01)
حسب: Casey M. Bergman
منشور في: (2018-06-01)
The unsung hero of science: Barbara McClintock, who won the Nobel Prize in Physiology or Medicine in 1983 for her discovery of mobile genetic elements
حسب: O. P. Matyshevska, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: O. P. Matyshevska, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
Climbing the Hill <subtitle>John T. Lis Barbara McClintock Professor of Molecular Biology and Genetics, Cornell University, Ithaca, New York</subtitle>
حسب: Kristie Nybo
منشور في: (2012-01-01)
حسب: Kristie Nybo
منشور في: (2012-01-01)
Particular sequence characteristics induce bias in the detection of polymorphic transposable element insertions
حسب: Verneret, Marie, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Verneret, Marie, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
A systematic review of the application of machine learning in the detection and classification of transposable elements
حسب: Simon Orozco-Arias, وآخرون
منشور في: (2019-12-01)
حسب: Simon Orozco-Arias, وآخرون
منشور في: (2019-12-01)
Characterization of transposable elements within the Bemisia tabaci species complex
حسب: Juan Paolo A. Sicat, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
حسب: Juan Paolo A. Sicat, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
Identification and frequency of transposable elements in Eucalyptus
حسب: Maurício Bacci Jr., وآخرون
منشور في: (2005-01-01)
حسب: Maurício Bacci Jr., وآخرون
منشور في: (2005-01-01)
Dysregulation of transposable elements and PIWI-interacting RNAs in myelodysplastic neoplasms
حسب: Zdenek Krejcik, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
حسب: Zdenek Krejcik, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
The genomic landscape of transposable elements in yeast hybrids is shaped by structural variation and genotype-specific modulation of transposition rate
حسب: Mathieu Hénault, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
حسب: Mathieu Hénault, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
Effectiveness of transposed inverse sets in faber regions
حسب: J. A. Adepoju, وآخرون
منشور في: (1983-01-01)
حسب: J. A. Adepoju, وآخرون
منشور في: (1983-01-01)
Identification of transposable element families from pangenome polymorphisms
حسب: Pío Sierra, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Pío Sierra, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Silencing of Transposable Elements Mediated by 5-mC and Compensation of the Heterochromatin Content by Presence of B Chromosomes in <i>Astyanax scabripinnis</i>
حسب: Patrícia Barbosa, وآخرون
منشور في: (2021-05-01)
حسب: Patrícia Barbosa, وآخرون
منشور في: (2021-05-01)
Transposable Element (TE) insertion predictions from RNAseq inputs and TE impact on RNA splicing and gene expression in Drosophila brain transcriptomes
حسب: Md Fakhrul Azad, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
حسب: Md Fakhrul Azad, وآخرون
منشور في: (2024-10-01)
A transposable element annotation pipeline and expression analysis reveal potentially active elements in the microalga Tisochrysis lutea
حسب: Jérémy Berthelier, وآخرون
منشور في: (2018-05-01)
حسب: Jérémy Berthelier, وآخرون
منشور في: (2018-05-01)
Analysis of pericentromere composition and structure elucidated the history of the Hieracium alpinum L. genome, revealing waves of transposable elements insertions
حسب: Alexander Belyayev, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
حسب: Alexander Belyayev, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
Transposable Element Insertions into the Escherichia coli Polysialic Acid Gene Cluster Result in Resistance to the K1F Bacteriophage
حسب: Kathryn M. Styles, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
حسب: Kathryn M. Styles, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
Meta-Analysis Suggests That Intron Retention Can Affect Quantification of Transposable Elements from RNA-Seq Data
حسب: Nicolò Gualandi, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
حسب: Nicolò Gualandi, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
The impact of insertion bias into piRNA clusters on the invasion of transposable elements
حسب: Shashank Pritam, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Shashank Pritam, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
Transposable elements as key regulators of placental development
حسب: M. A. Zhilkina, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
حسب: M. A. Zhilkina, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
Transposable elements from the mesophragmatica group of Drosophila
حسب: Erika Germanos, وآخرون
منشور في: (2006-01-01)
حسب: Erika Germanos, وآخرون
منشور في: (2006-01-01)
RepetDB: a unified resource for transposable element references
حسب: Joëlle Amselem, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
حسب: Joëlle Amselem, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
Ultra-sensitive detection of transposon insertions across multiple families by transposable element display sequencing
حسب: Pol Vendrell-Mir, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
حسب: Pol Vendrell-Mir, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
Analysis of Transposable Elements in Coccidioides Species
حسب: Theo N. Kirkland, وآخرون
منشور في: (2018-01-01)
حسب: Theo N. Kirkland, وآخرون
منشور في: (2018-01-01)
Inequalities on 2×2 block accretive partial transpose matrices
حسب: Lihong Hu, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Lihong Hu, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
On a conjecture on transposed Poisson n-Lie algebras
حسب: Junyuan Huang, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
حسب: Junyuan Huang, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
Transposable Element Is Predictive of Chemotherapy- and Immunotherapy-Related Overall Survival in Glioma
حسب: Bi Peng, وآخرون
منشور في: (2025-05-01)
حسب: Bi Peng, وآخرون
منشور في: (2025-05-01)
All Quiet on the TE Front? The Role of Chromatin in Transposable Element Silencing
حسب: Luisa Di Stefano
منشور في: (2022-08-01)
حسب: Luisa Di Stefano
منشور في: (2022-08-01)
مواد مشابهة
-
Reproducible evaluation of transposable element detectors with McClintock 2 guides accurate inference of Ty insertion patterns in yeast
حسب: Jingxuan Chen, وآخرون
منشور في: (2023-07-01) -
Review of Lee Kass's “From Chromosomes to Mobile Genetic Elements: The Life and Work of Nobel Laureate Barbara McClintock”
حسب: James A. Birchler
منشور في: (2025-04-01) -
Scott McCLINTOCK, & John MILLER (eds.), Pynchon’s California
حسب: Gilles Chamerois
منشور في: (2018-10-01) -
Plant Genomics <subtitle>From Mendel to McClintock and Beyond</subtitle>
حسب: Lynne Lederman
منشور في: (2005-09-01) -
Couro imperial: raça, gênero e sexualidade no embate colonial, Anne McClintock
حسب: Roberto Efrem Filho
منشور في: (2013-06-01)
