Inferring upstream regulatory genes of FOXP3 in human regulatory T cells from time-series transcriptomic data
Abstract The discovery of upstream regulatory genes of a gene of interest still remains challenging. Here we applied a scalable computational method to unbiasedly predict candidate regulatory genes of critical transcription factors by searching the whole genome. We illustrated our approach with a ca...
| الحاوية / القاعدة: | npj Systems Biology and Applications |
|---|---|
| المؤلفون الرئيسيون: | Stefano Magni, Rucha Sawlekar, Christophe M. Capelle, Vera Tslaf, Alexandre Baron, Ni Zeng, Laurent Mombaerts, Zuogong Yue, Ye Yuan, Feng Q. Hefeng, Jorge Gonçalves |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
Nature Portfolio
2024-05-01
|
| الوصول للمادة أونلاين: | https://doi.org/10.1038/s41540-024-00387-9 |
مواد مشابهة
Deciphering the developmental trajectory of tissue-resident Foxp3+ regulatory T cells
حسب: Fernando Alvarez, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Fernando Alvarez, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
Advances in Foxp3+ regulatory T cells (Foxp3+ Treg) and key factors in digestive malignancies
حسب: Wanyao Wang, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Wanyao Wang, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
From time-series transcriptomics to gene regulatory networks: A review on inference methods.
حسب: Malvina Marku, وآخرون
منشور في: (2023-08-01)
حسب: Malvina Marku, وآخرون
منشور في: (2023-08-01)
SIGNET: transcriptome-wide causal inference for gene regulatory networks
حسب: Zhongli Jiang, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
حسب: Zhongli Jiang, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
Elusive modes of Foxp3 activity in versatile regulatory T cells
حسب: Minghong He, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
حسب: Minghong He, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
FOXP3+ regulatory T cells are associated with the severity and prognosis of sarcoidosis
حسب: Karen C. Patterson, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Karen C. Patterson, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
Inferring gene regulatory networks of ALS from blood transcriptome profiles
حسب: Xena G. Pappalardo, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Xena G. Pappalardo, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
Foxp3+ Regulatory T Cells in Mouse Models of Type 1 Diabetes
حسب: Cathleen Petzold, وآخرون
منشور في: (2013-01-01)
حسب: Cathleen Petzold, وآخرون
منشور في: (2013-01-01)
The clinical and pathogenetic value of Foxp3+ T regulatory cells in rheumatoid arthritis
حسب: A. S. Avdeeva, وآخرون
منشور في: (2016-10-01)
حسب: A. S. Avdeeva, وآخرون
منشور في: (2016-10-01)
Fenofibrate Enhances the In Vitro Differentiation of Foxp3+ Regulatory T Cells in Mice
حسب: Zhou Zhou, وآخرون
منشور في: (2012-01-01)
حسب: Zhou Zhou, وآخرون
منشور في: (2012-01-01)
Immunohistochemical Expression of FOXP3+ Regulatory T Cells in Proteinuric Primary Glomerulopathies
حسب: Georgios Vlachopanos, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
حسب: Georgios Vlachopanos, وآخرون
منشور في: (2021-01-01)
Zinc dampens antitumor immunity by promoting Foxp3+ regulatory T cells
حسب: Sugandha Narayan, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
حسب: Sugandha Narayan, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
In situ analysis of FOXP3+ regulatory T cells in human colorectal cancer
حسب: Thiel Eckhard, وآخرون
منشور في: (2006-12-01)
حسب: Thiel Eckhard, وآخرون
منشور في: (2006-12-01)
Selective ablation of thymic and peripheral Foxp3+ regulatory T cell development
حسب: Acelya Yilmazer, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Acelya Yilmazer, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
Regulatory CD4+Foxp3+ T cells control the severity of anaphylaxis.
حسب: Reem Kanjarawi, وآخرون
منشور في: (2013-01-01)
حسب: Reem Kanjarawi, وآخرون
منشور في: (2013-01-01)
Ensemble inference and inferability of gene regulatory networks.
حسب: S M Minhaz Ud-Dean, وآخرون
منشور في: (2014-01-01)
حسب: S M Minhaz Ud-Dean, وآخرون
منشور في: (2014-01-01)
Physiological and transcriptome analyses to infer regulatory networks in flowering transition of Rosa rugosa
حسب: Xiaobin Wang, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Xiaobin Wang, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
FOXP3 in Melanoma with Regression: Between Tumoral Expression and Regulatory T Cell Upregulation
حسب: Mirela Cioplea, وآخرون
منشور في: (2020-01-01)
حسب: Mirela Cioplea, وآخرون
منشور في: (2020-01-01)
Regulation of FoxP3+ Regulatory T Cells and Th17 Cells by Retinoids
حسب: Chang H. Kim
منشور في: (2008-01-01)
حسب: Chang H. Kim
منشور في: (2008-01-01)
Anti-regulatory T cell vaccines in immunotherapy: focusing on FoxP3 as target
حسب: Neda Mousavi-Niri, وآخرون
منشور في: (2019-03-01)
حسب: Neda Mousavi-Niri, وآخرون
منشور في: (2019-03-01)
T-regulatory cells require Sin3a for stable expression of Foxp3
حسب: Lanette M. Christensen, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
حسب: Lanette M. Christensen, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
Foxp3 orchestrates reorganization of chromatin architecture to establish regulatory T cell identity
حسب: Zhi Liu, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
حسب: Zhi Liu, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
Foxp3 depends on Ikaros for control of regulatory T cell gene expression and function
حسب: Rajan M Thomas, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
حسب: Rajan M Thomas, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
Structural and Biological Features of FOXP3 Dimerization Relevant to Regulatory T Cell Function
حسب: Xiaomin Song, وآخرون
منشور في: (2012-06-01)
حسب: Xiaomin Song, وآخرون
منشور في: (2012-06-01)
Lymphotoxin limits Foxp3+ regulatory T cell development from Foxp3lo precursors via IL-4 signaling
حسب: Alexia Borelli, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
حسب: Alexia Borelli, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
Identification and Characterization of the OCT4 Upstream Regulatory Region in Sus scrofa
حسب: Seung-Hun Kim, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
حسب: Seung-Hun Kim, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
SALL4 in gastrointestinal tract cancers: upstream and downstream regulatory mechanisms
حسب: Tairan Wang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
حسب: Tairan Wang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomes with graph autoencoder model.
حسب: Jiacheng Wang, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
حسب: Jiacheng Wang, وآخرون
منشور في: (2023-09-01)
Correlation of Blood FoxP3+ Regulatory T Cells and Disease Activity of Atopic Dermatitis
حسب: Yan Li, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
حسب: Yan Li, وآخرون
منشور في: (2019-01-01)
Interleukin-7 influences FOXP3+CD4+ regulatory T cells peripheral homeostasis.
حسب: Federico Simonetta, وآخرون
منشور في: (2012-01-01)
حسب: Federico Simonetta, وآخرون
منشور في: (2012-01-01)
Are We Ready for the Use of Foxp3+ Regulatory T Cells for Immunodiagnosis and Immunotherapy in Kidney Transplantation?
حسب: Francisco Salcido-Ochoa, وآخرون
منشور في: (2012-01-01)
حسب: Francisco Salcido-Ochoa, وآخرون
منشور في: (2012-01-01)
Defining Human Regulatory T Cells beyond FOXP3: The Need to Combine Phenotype with Function
حسب: Chelsea Gootjes, وآخرون
منشور في: (2024-05-01)
حسب: Chelsea Gootjes, وآخرون
منشور في: (2024-05-01)
The Transcription Factor MAZR/PATZ1 Regulates the Development of FOXP3+ Regulatory T Cells
حسب: Liisa Andersen, وآخرون
منشور في: (2019-12-01)
حسب: Liisa Andersen, وآخرون
منشور في: (2019-12-01)
The Long Non-coding RNA Flatr Anticipates Foxp3 Expression in Regulatory T Cells
حسب: Aleksandra Brajic, وآخرون
منشور في: (2018-09-01)
حسب: Aleksandra Brajic, وآخرون
منشور في: (2018-09-01)
Foxp3+ Regulatory and Conventional CD4+ T Cells Display Similarly High Frequencies of Alloantigen-Reactive Cells
حسب: Mélanie Lalfer, وآخرون
منشور في: (2019-03-01)
حسب: Mélanie Lalfer, وآخرون
منشور في: (2019-03-01)
IL-10+CD19+ regulatory B cells induce CD4+Foxp3+regulatory T cells in serum of cervical cancer patients
حسب: Chunfeng Yang, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Chunfeng Yang, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
Inferring Gene Regulatory Networks From Single-Cell Transcriptomic Data Using Bidirectional RNN
حسب: Yanglan Gan, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
حسب: Yanglan Gan, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics
حسب: Russell Littman, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Russell Littman, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
Developmental Origin and Functional Diversity of Foxp3<sup>+</sup> Regulatory T Cells in Diabetes and Obesity
حسب: Acelya Yilmazer, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Acelya Yilmazer, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
Statins Increase the Frequency of Circulating CD4+FOXP3+ Regulatory T Cells in Healthy Individuals
حسب: Ana Lucía Rodríguez-Perea, وآخرون
منشور في: (2015-01-01)
حسب: Ana Lucía Rodríguez-Perea, وآخرون
منشور في: (2015-01-01)
مواد مشابهة
-
Deciphering the developmental trajectory of tissue-resident Foxp3+ regulatory T cells
حسب: Fernando Alvarez, وآخرون
منشور في: (2024-03-01) -
Advances in Foxp3+ regulatory T cells (Foxp3+ Treg) and key factors in digestive malignancies
حسب: Wanyao Wang, وآخرون
منشور في: (2024-06-01) -
From time-series transcriptomics to gene regulatory networks: A review on inference methods.
حسب: Malvina Marku, وآخرون
منشور في: (2023-08-01) -
SIGNET: transcriptome-wide causal inference for gene regulatory networks
حسب: Zhongli Jiang, وآخرون
منشور في: (2023-11-01) -
Elusive modes of Foxp3 activity in versatile regulatory T cells
حسب: Minghong He, وآخرون
منشور في: (2025-01-01)
