Comprehensive comparison of enzymatic and bisulfite DNA methylation analysis in clinically relevant samples
Abstract Background Bisulfite conversion is considered the gold standard for DNA methylation analysis, but it damages DNA and performs sub-optimally with clinical samples (e.g., formalin-fixed paraffin-embedded and circulating free plasma DNA (cfDNA)). Here we describe a comprehensive comparison of...
| الحاوية / القاعدة: | Clinical Epigenetics |
|---|---|
| المؤلفون الرئيسيون: | Barrett Nuttall, Daniel L. Karl, Kathleen Burke, Megan Callahan, Kerrin Mendler, Pablo Cingolani, Steven Criscione, Serhiy Naumenko, Elena Bibikova, Veerendra Munugalavadla, John C. Byrd, Richard R. Furman, Jennifer R. Brown, Andrew Mortlock, Brian A. Dougherty, J. Carl Barrett, Maurizio Scaltriti, James Hadfield |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
BMC
2025-10-01
|
| الموضوعات: | |
| الوصول للمادة أونلاين: | https://doi.org/10.1186/s13148-025-01959-0 |
مواد مشابهة
LuxRep: a technical replicate-aware method for bisulfite sequencing data analysis
حسب: Maia H. Malonzo, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
حسب: Maia H. Malonzo, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
Optimized bisulfite sequencing analysis reveals the lack of 5-methylcytosine in mammalian mitochondrial DNA
حسب: Zhenyu Shao, وآخرون
منشور في: (2023-08-01)
حسب: Zhenyu Shao, وآخرون
منشور في: (2023-08-01)
Quantitation of DNA methylation in Epstein-Barr virus–associated nasopharyngeal carcinoma by bisulfite amplicon sequencing
حسب: Weilin Zhao, وآخرون
منشور في: (2017-07-01)
حسب: Weilin Zhao, وآخرون
منشور في: (2017-07-01)
BiSpark: a Spark-based highly scalable aligner for bisulfite sequencing data
حسب: Seokjun Soe, وآخرون
منشور في: (2018-12-01)
حسب: Seokjun Soe, وآخرون
منشور في: (2018-12-01)
Aryana-bs: context-aware alignment of bisulfite-sequencing reads
حسب: Hassan Nikaein, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
حسب: Hassan Nikaein, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
bsgenova: an accurate, robust, and fast genotype caller for bisulfite-sequencing data
حسب: Yance Feng, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Yance Feng, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Changes in DNA methylation assessed by genomic bisulfite sequencing suggest a role for DNA methylation in cotton fruiting branch development
حسب: Quan Sun, وآخرون
منشور في: (2018-06-01)
حسب: Quan Sun, وآخرون
منشور في: (2018-06-01)
msPIPE: a pipeline for the analysis and visualization of whole-genome bisulfite sequencing data
حسب: Heesun Kim, وآخرون
منشور في: (2022-09-01)
حسب: Heesun Kim, وآخرون
منشور في: (2022-09-01)
MethylC-analyzer: a comprehensive downstream pipeline for the analysis of genome-wide DNA methylation
حسب: Rita Jui-Hsien Lu, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Rita Jui-Hsien Lu, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
Genome-wide oxidative bisulfite sequencing identifies sex-specific methylation differences in the human placenta
حسب: Sungsam Gong, وآخرون
منشور في: (2018-03-01)
حسب: Sungsam Gong, وآخرون
منشور في: (2018-03-01)
A validation of Illumina EPIC array system with bisulfite-based amplicon sequencing
حسب: Alexandra J. Noble, وآخرون
منشور في: (2021-02-01)
حسب: Alexandra J. Noble, وآخرون
منشور في: (2021-02-01)
Optimized reduced representation bisulfite sequencing reveals tissue-specific mCHH islands in maize
حسب: Fei-Man Hsu, وآخرون
منشور في: (2017-08-01)
حسب: Fei-Man Hsu, وآخرون
منشور في: (2017-08-01)
HAM-TBS: high-accuracy methylation measurements via targeted bisulfite sequencing
حسب: Simone Roeh, وآخرون
منشور في: (2018-07-01)
حسب: Simone Roeh, وآخرون
منشور في: (2018-07-01)
LuxHMM: DNA methylation analysis with genome segmentation via hidden Markov model
حسب: Maia H. Malonzo, وآخرون
منشور في: (2023-02-01)
حسب: Maia H. Malonzo, وآخرون
منشور في: (2023-02-01)
Manipulating base quality scores enables variant calling from bisulfite sequencing alignments using conventional bayesian approaches
حسب: Adam Nunn, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
حسب: Adam Nunn, وآخرون
منشور في: (2022-06-01)
Novel insights into systemic sclerosis using a sensitive computational method to analyze whole-genome bisulfite sequencing data
حسب: Jeffrey C. Y. Yu, وآخرون
منشور في: (2023-06-01)
حسب: Jeffrey C. Y. Yu, وآخرون
منشور في: (2023-06-01)
Estimating genome-wide DNA methylation heterogeneity with methylation patterns
حسب: Pei-Yu Lin, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
حسب: Pei-Yu Lin, وآخرون
منشور في: (2023-11-01)
A comparison of existing global DNA methylation assays to low-coverage whole-genome bisulfite sequencing for epidemiological studies
حسب: Florence K. Crary-Dooley, وآخرون
منشور في: (2017-03-01)
حسب: Florence K. Crary-Dooley, وآخرون
منشور في: (2017-03-01)
MethylStar: A fast and robust pre-processing pipeline for bulk or single-cell whole-genome bisulfite sequencing data
حسب: Yadollah Shahryary, وآخرون
منشور في: (2020-07-01)
حسب: Yadollah Shahryary, وآخرون
منشور في: (2020-07-01)
A novel workflow for the qualitative analysis of DNA methylation data
حسب: Antonella Sarnataro, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
حسب: Antonella Sarnataro, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
Cross-platform comparisons for targeted bisulfite sequencing of MGISEQ-2000 and NovaSeq6000
حسب: Jin Sun, وآخرون
منشور في: (2023-08-01)
حسب: Jin Sun, وآخرون
منشور في: (2023-08-01)
Whole genome bisulfite sequencing of Down syndrome brain reveals regional DNA hypermethylation and novel disorder insights
حسب: Benjamin I. Laufer, وآخرون
منشور في: (2019-07-01)
حسب: Benjamin I. Laufer, وآخرون
منشور في: (2019-07-01)
Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)
حسب: Weilin Pu, وآخرون
منشور في: (2017-12-01)
حسب: Weilin Pu, وآخرون
منشور في: (2017-12-01)
Age-associated DNA methylation changes in Xenopus frogs
حسب: Marco Morselli, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Marco Morselli, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
VAliBS: a visual aligner for bisulfite sequences
حسب: Min Li, وآخرون
منشور في: (2017-10-01)
حسب: Min Li, وآخرون
منشور في: (2017-10-01)
The common bisulfite-conversion-based techniques to analyze DNA methylation in human cancers
حسب: Farhad Jeddi, وآخرون
منشور في: (2024-07-01)
حسب: Farhad Jeddi, وآخرون
منشور في: (2024-07-01)
Defiant: (DMRs: easy, fast, identification and ANnoTation) identifies differentially Methylated regions from iron-deficient rat hippocampus
حسب: David E. Condon, وآخرون
منشور في: (2018-02-01)
حسب: David E. Condon, وآخرون
منشور في: (2018-02-01)
Overexpression of the heterochromatinization factor BAHD1 in HEK293 cells differentially reshapes the DNA methylome on autosomes and X chromosome.
حسب: Emanuele eLibertini, وآخرون
منشور في: (2015-12-01)
حسب: Emanuele eLibertini, وآخرون
منشور في: (2015-12-01)
Whole-genome bisulfite sequencing of X and Y sperm in Holstein bulls reveals differences in autosomal methylation status
حسب: Aishao Shangguan, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
حسب: Aishao Shangguan, وآخرون
منشور في: (2025-03-01)
Comparison of enzymatic and bisulfite conversion of circulating cell-free tumor DNA for DNA methylation analyses
حسب: Stine H. Kresse, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Stine H. Kresse, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
Comparison of methylation estimates obtained via MinION nanopore sequencing and sanger bisulfite sequencing in the TRPA1 promoter region
حسب: Sara Gombert, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
حسب: Sara Gombert, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
BSXplorer: analytical framework for exploratory analysis of BS-seq data
حسب: Konstantin Yuditskiy, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Konstantin Yuditskiy, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
Comparison of tumor and two types of paratumoral tissues highlighted epigenetic regulation of transcription during field cancerization in non-small cell lung cancer
حسب: Qiushi Wang, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
حسب: Qiushi Wang, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
Efficient and accurate determination of genome-wide DNA methylation patterns in Arabidopsis thaliana with enzymatic methyl sequencing
حسب: Suhua Feng, وآخرون
منشور في: (2020-10-01)
حسب: Suhua Feng, وآخرون
منشور في: (2020-10-01)
Whole-genome bisulfite sequencing in systemic sclerosis provides novel targets to understand disease pathogenesis
حسب: Tianyuan Lu, وآخرون
منشور في: (2019-10-01)
حسب: Tianyuan Lu, وآخرون
منشور في: (2019-10-01)
CpG location and methylation level are crucial factors for the early detection of oral squamous cell carcinoma in brushing samples using bisulfite sequencing of a 13-gene panel
حسب: Luca Morandi, وآخرون
منشور في: (2017-08-01)
حسب: Luca Morandi, وآخرون
منشور في: (2017-08-01)
Analysis of DNA methylation changes following Cfp1 knockout in mouse spermatocytes
حسب: Chanhyeok Park, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Chanhyeok Park, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
Detection of Brain-Derived Cell-Free DNA in Plasma
حسب: Camilla Pellegrini, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
حسب: Camilla Pellegrini, وآخرون
منشور في: (2024-11-01)
Age-associated alterations in DNA methylation and expression of methyltransferase and demethylase genes in Arabidopsis thaliana
حسب: Z. V. Ogneva, وآخرون
منشور في: (2016-12-01)
حسب: Z. V. Ogneva, وآخرون
منشور في: (2016-12-01)
Impact of vitamin D depletion during development on mouse sperm DNA methylation
حسب: Jing Xue, وآخرون
منشور في: (2018-09-01)
حسب: Jing Xue, وآخرون
منشور في: (2018-09-01)
مواد مشابهة
-
LuxRep: a technical replicate-aware method for bisulfite sequencing data analysis
حسب: Maia H. Malonzo, وآخرون
منشور في: (2022-01-01) -
Optimized bisulfite sequencing analysis reveals the lack of 5-methylcytosine in mammalian mitochondrial DNA
حسب: Zhenyu Shao, وآخرون
منشور في: (2023-08-01) -
Quantitation of DNA methylation in Epstein-Barr virus–associated nasopharyngeal carcinoma by bisulfite amplicon sequencing
حسب: Weilin Zhao, وآخرون
منشور في: (2017-07-01) -
BiSpark: a Spark-based highly scalable aligner for bisulfite sequencing data
حسب: Seokjun Soe, وآخرون
منشور في: (2018-12-01) -
Aryana-bs: context-aware alignment of bisulfite-sequencing reads
حسب: Hassan Nikaein, وآخرون
منشور في: (2025-07-01)
