Systematic review and feasibility study on pre-analytical factors and genomic analyses on archival formalin-fixed paraffin-embedded breast cancer tissue
Abstract Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue represents a valuable source for translational cancer research. However, the widespread application of various downstream methods remains challenging. Here, we aimed to assess the feasibility of a genomic and gene expression analysis workflow u...
| الحاوية / القاعدة: | Scientific Reports |
|---|---|
| المؤلفون الرئيسيون: | Dimitrios Salgkamis, Emmanouil G. Sifakis, Susanne Agartz, Valtteri Wirta, Johan Hartman, Jonas Bergh, Theodoros Foukakis, Alexios Matikas, Ioannis Zerdes |
| التنسيق: | مقال |
| اللغة: | الإنجليزية |
| منشور في: |
Nature Portfolio
2024-08-01
|
| الموضوعات: | |
| الوصول للمادة أونلاين: | https://doi.org/10.1038/s41598-024-69285-8 |
مواد مشابهة
The Effect of Fibrosis on DNA Yield from Formalin Fixed Paraffin Embedded Tissues
حسب: Muhammad Naveed, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Muhammad Naveed, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
The paraffin-embedded RNA metric (PERM) for RNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue
حسب: Joon-Yong Chung, وآخرون
منشور في: (2016-05-01)
حسب: Joon-Yong Chung, وآخرون
منشور في: (2016-05-01)
Utilization of formalin-fixed paraffin-embedded specimens for microbiota characterization in cancer: utility and concern
حسب: Leandro Di Gloria, وآخرون
منشور في: (2022-10-01)
حسب: Leandro Di Gloria, وآخرون
منشور في: (2022-10-01)
Histochemical and biochemical analysis of collagen content in formalin-fixed, paraffin embedded colonic samples
حسب: Nicholas Baidoo, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
حسب: Nicholas Baidoo, وآخرون
منشور في: (2023-12-01)
Generative and integrative modeling for transcriptomics with formalin fixed paraffin embedded material
حسب: Eliseos J. Mucaki, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
حسب: Eliseos J. Mucaki, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
Standard techniques for formalin-fixed paraffin-embedded tissue: A Pathologist’s perspective
حسب: Hadil B. Al-Sabaawy, وآخرون
منشور في: (2021-12-01)
حسب: Hadil B. Al-Sabaawy, وآخرون
منشور في: (2021-12-01)
Evaluation and Comparison of Genomic DNA Extraction Methods and PCR Optimization on Archival Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissues of Oral Squamous Cell Carcinoma
حسب: Samar Saeed Khan, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
حسب: Samar Saeed Khan, وآخرون
منشور في: (2022-05-01)
Biomarker Analysis of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Clinical Tissues Using Proteomics
حسب: Ekenedirichukwu N. Obi, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
حسب: Ekenedirichukwu N. Obi, وآخرون
منشور في: (2023-01-01)
Comparative analysis of asbestos body and fiber content in formalin-fixed vs. paraffin-embedded lung tissue
حسب: Barbara K. Kuhn, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Barbara K. Kuhn, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
Diagnostic Utility of Immunofluorescence on Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Skin Biopsy
حسب: Nipan Das, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Nipan Das, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Quantity and quality of nucleic acids extracted from archival formalin fixed paraffin embedded prostate biopsies
حسب: Jessica Carlsson, وآخرون
منشور في: (2018-12-01)
حسب: Jessica Carlsson, وآخرون
منشور في: (2018-12-01)
Establishment of a novel protocol for formalin-fixed paraffin-embedded organoids and spheroids
حسب: Shohei Yoshimoto, وآخرون
منشور في: (2023-05-01)
حسب: Shohei Yoshimoto, وآخرون
منشور في: (2023-05-01)
Comparison of triple-negative breast cancer molecular subtyping using RNA from matched fresh-frozen versus formalin-fixed paraffin-embedded tissue
حسب: Bojana Jovanović, وآخرون
منشور في: (2017-04-01)
حسب: Bojana Jovanović, وآخرون
منشور في: (2017-04-01)
Two complete 1918 influenza A/H1N1 pandemic virus genomes characterized by next-generation sequencing using RNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded autopsy lung tissue samples along with evidence of secondary bacterial co-infection
حسب: Yongli Xiao, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
حسب: Yongli Xiao, وآخرون
منشور في: (2024-03-01)
LINCATRA: Two-cycle method to amplify RNA for transcriptome analysis from formalin-fixed paraffin-embedded tissue
حسب: Poorna Manasa Bhamidimarri, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
حسب: Poorna Manasa Bhamidimarri, وآخرون
منشور في: (2024-06-01)
Performance of the Xpert MTB/RIF assay in the diagnosis of tuberculosis in formalin-fixed, paraffin-embedded tissues
حسب: Pascal Polepole, وآخرون
منشور في: (2017-01-01)
حسب: Pascal Polepole, وآخرون
منشور في: (2017-01-01)
Fluorescence In Situ Hybridization for Diagnosis of Whipple’s Disease in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue
حسب: Peter Braubach, وآخرون
منشور في: (2017-06-01)
حسب: Peter Braubach, وآخرون
منشور في: (2017-06-01)
A Novel Approach to Cell Blockistry - Comparison of Formalin Fixed Paraffin Embedded Method with Plasma Thrombin Method
حسب: Priyadarshini R, وآخرون
منشور في: (2025-10-01)
حسب: Priyadarshini R, وآخرون
منشور في: (2025-10-01)
Towards Reliable Methodology: Microbiome Analysis of Fresh Frozen vs. Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Bladder Tissue Samples: A Feasibility Study
حسب: Dominik Enderlin, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
حسب: Dominik Enderlin, وآخرون
منشور في: (2024-12-01)
Exploratory multi-cohort, multi-reader study on the clinical utility of a deep learning model for transforming cryosectioned to formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) images in breast lesion diagnosis
حسب: Xue Chao, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
حسب: Xue Chao, وآخرون
منشور في: (2025-06-01)
Flow cytometric analysis for Ki67 assessment in formalin-fixed paraffin-embedded breast cancer tissue
حسب: Natsuki Sato, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
حسب: Natsuki Sato, وآخرون
منشور في: (2024-08-01)
Gene Expression Studies in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples of Cutaneous Cancer: The Need for Reference Genes
حسب: Omar García-Pérez, وآخرون
منشور في: (2021-11-01)
حسب: Omar García-Pérez, وآخرون
منشور في: (2021-11-01)
Combinatorial and Machine Learning Approaches for Improved Somatic Variant Calling From Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Genome Sequence Data
حسب: Dollina D. Dodani, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
حسب: Dollina D. Dodani, وآخرون
منشور في: (2022-04-01)
Fabrication of Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded (FFPE) Circulating Tumor Cell (CTC) Block Using a Hydrogel Core-Mediated Method
حسب: Tae Hee Lee, وآخرون
منشور في: (2021-09-01)
حسب: Tae Hee Lee, وآخرون
منشور في: (2021-09-01)
Evaluation Of DNA Extraction From Archieved Formalin-Fixed Paraffin Tissues (FFPT) By β-Globin Gene PCR.
حسب: Asaad Aljanabi, وآخرون
منشور في: (2014-12-01)
حسب: Asaad Aljanabi, وآخرون
منشور في: (2014-12-01)
Microsporidial keratitis retrospectively diagnosed by ultrastructural study of formalin-fixed paraffin-embedded corneal tissue: a case report
حسب: Satoru Ueno, وآخرون
منشور في: (2019-06-01)
حسب: Satoru Ueno, وآخرون
منشور في: (2019-06-01)
Whole Transcriptome Profiling of Adrenocortical Tumors Using Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples
حسب: Norifusa Iwahashi, وآخرون
منشور في: (2022-02-01)
حسب: Norifusa Iwahashi, وآخرون
منشور في: (2022-02-01)
The Role of the <i>IGF2</i> Methylation Score in Diagnosing Adrenocortical Tumors with Unclear Malignant Potential—Feasibility of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue
حسب: Rebecca V. Steenaard, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
حسب: Rebecca V. Steenaard, وآخرون
منشور في: (2023-07-01)
Technical challenges regarding the use of formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissue specimens for the detection of bacterial alterations in colorectal cancer
حسب: Suk Yee Lam, وآخرون
منشور في: (2021-10-01)
حسب: Suk Yee Lam, وآخرون
منشور في: (2021-10-01)
A One-Stop Protocol to Assess Myocardial Fibrosis in Frozen and Paraffin Sections
حسب: Divya Sridharan, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
حسب: Divya Sridharan, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
Comparison of Fresh Frozen Tissue With Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue for Mutation Analysis Using a Multi-Gene Panel in Patients With Colorectal Cancer
حسب: Xian Hua Gao, وآخرون
منشور في: (2020-03-01)
حسب: Xian Hua Gao, وآخرون
منشور في: (2020-03-01)
Quantitative analysis of lncRNA in formalin-fixed paraffin-embedded tissues of oral squamous cell carcinoma
حسب: Kiran Kumar, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
حسب: Kiran Kumar, وآخرون
منشور في: (2023-10-01)
Case study: Targeted RNA-sequencing of aged formalin-fixed paraffin-embedded samples for understanding chemical mode of action
حسب: Michael D. Cannizzo, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
حسب: Michael D. Cannizzo, وآخرون
منشور في: (2022-01-01)
Case report: Cutaneous anthrax diagnosed using mNGS of a formalin-fixed paraffin-embedded tissue sample
حسب: Jin Zhang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
حسب: Jin Zhang, وآخرون
منشور في: (2024-04-01)
Cervical Actinomycosis Diagnosed via Metagenomic Next-Generation Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue: A Case Report and Literature Review
حسب: Teresa K. F. Wang, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
حسب: Teresa K. F. Wang, وآخرون
منشور في: (2025-08-01)
Using formalin fixed paraffin embedded tissue to characterize the microbiota in p16-positive and p16-negative tongue squamous cell carcinoma: a pilot study
حسب: Zhan Yuanbo, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
حسب: Zhan Yuanbo, وآخرون
منشور في: (2024-02-01)
Comparison Approach for Identifying Missed Invasive Fungal Infections in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Autopsy Specimens
حسب: Sota Sadamoto, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
حسب: Sota Sadamoto, وآخرون
منشور في: (2022-03-01)
Microarray analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded follicular thyroid carcinoma samples from patients who developed postoperative distant metastasis
حسب: Tomoo Jikuzono, وآخرون
منشور في: (2020-05-01)
حسب: Tomoo Jikuzono, وآخرون
منشور في: (2020-05-01)
A novel xylene-free deparaffinization method for the extraction of proteins from human derived formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) archival tissue blocks
حسب: Anthony Mansour, وآخرون
منشور في: (2014-01-01)
حسب: Anthony Mansour, وآخرون
منشور في: (2014-01-01)
PIK3CA mutation is a favorable prognostic factor in esophageal cancer: molecular profile by next-generation sequencing using surgically resected formalin-fixed, paraffin-embedded tissue
حسب: Tomoya Yokota, وآخرون
منشور في: (2018-08-01)
حسب: Tomoya Yokota, وآخرون
منشور في: (2018-08-01)
مواد مشابهة
-
The Effect of Fibrosis on DNA Yield from Formalin Fixed Paraffin Embedded Tissues
حسب: Muhammad Naveed, وآخرون
منشور في: (2024-06-01) -
The paraffin-embedded RNA metric (PERM) for RNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue
حسب: Joon-Yong Chung, وآخرون
منشور في: (2016-05-01) -
Utilization of formalin-fixed paraffin-embedded specimens for microbiota characterization in cancer: utility and concern
حسب: Leandro Di Gloria, وآخرون
منشور في: (2022-10-01) -
Histochemical and biochemical analysis of collagen content in formalin-fixed, paraffin embedded colonic samples
حسب: Nicholas Baidoo, وآخرون
منشور في: (2023-12-01) -
Generative and integrative modeling for transcriptomics with formalin fixed paraffin embedded material
حسب: Eliseos J. Mucaki, وآخرون
منشور في: (2025-09-01)
