Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI Mitokondrial
Phylogenetic Identification and Analysis Portunus trituberculatus from Cirebon Coast Using the COI Barcode Mitochondrial Portunus trituberculatus spesimen from Cirebon coast were successfully identified using mitochondrial DNA cytochrome c oxydase subunit I (COI) genes. Analysis of haplotype dis...
Main Authors: | , , , |
---|---|
Format: | Article |
Language: | Indonesian |
Published: |
Diponegoro University
2018-12-01
|
Series: | Jurnal Kelautan Tropis |
Subjects: | |
Online Access: | https://ejournal2.undip.ac.id/index.php/jkt/article/view/3091 |
id |
doaj-15ffa1391eab43fd8293fb75d4652f86 |
---|---|
record_format |
Article |
spelling |
doaj-15ffa1391eab43fd8293fb75d4652f862020-11-25T02:13:56ZindDiponegoro UniversityJurnal Kelautan Tropis1410-88522528-31112018-12-0121211112010.14710/jkt.v21i2.30912010Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI MitokondrialSubagiyo Subagiyo0Retna Handayani1Rahayu Rahayu2Triandala Mada Sibero3Departemen Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas DiponegoroBalai Besar Perikanan Budidaya Air Payau JeparaBalai Besar Perikanan Budidaya Air Payau JeparaDepartemen Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas DiponegoroPhylogenetic Identification and Analysis Portunus trituberculatus from Cirebon Coast Using the COI Barcode Mitochondrial Portunus trituberculatus spesimen from Cirebon coast were successfully identified using mitochondrial DNA cytochrome c oxydase subunit I (COI) genes. Analysis of haplotype distribution of P. trituberculatus along with the same species from China, Korea, India and the Philippines obtained from NCBI gene banks resulted 17 haplotypes from 25 specimens. Haploid diversity was 0.943 + 0.031 and nucleotide diversity was 0.04821 + 0.0139. The Cirebon specimen is in separated haplotipe from the others. The results of phylogenetic analysis showed that the 25 specimens were clustered into 3 clusters in 2 different lineages with percentages genetic distance were 12.76%, 14.24% and 14.33% respectively. The genetic distance within each cluster ranges from 0 - 2.92%. The Cirebon crab specimen is in the same cluster as the Philippine specimen with 1% genetic distance. Spesimen rajungan Portunus trituberculatus dari perairan Cirebon berhasil diidentifikasi menggunakan gen mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I (COI). Analisis distribusi haplotipe dengan data P trituberculatus yang berasal dari China, Korea, India dan Filipina yang diperoleh dari data genebank NCBI didapatkan 17 haplotipe dari 25 spesimen, dengan keragaman haploid 0,943 +0.031 dan keragaman nukleotida 0,04821+0.0139. Spesimen Cirebon merupakan haplotipe yang terpisah dari yang lainnya. Hasil kajian filogenetik menunjukkan 25 spesimen mengelompok ke dalam 3 kluster dari 2 garis keturunan yang berbeda dengan jarak genetik berturut turut 12,76 %, 14,24 % dan 14,33 %. Jarak genetik di dalam masing-masing kluster berkisar antara 0 – 2,92 %. Spesimen rajungan Cirebon berada pada garis keturunan dan kluster yang sama dengan spesimen Filipina dengan jarak genetik 1%.https://ejournal2.undip.ac.id/index.php/jkt/article/view/3091crabTrituberous Portunusbarcodinggen COIrajungan |
collection |
DOAJ |
language |
Indonesian |
format |
Article |
sources |
DOAJ |
author |
Subagiyo Subagiyo Retna Handayani Rahayu Rahayu Triandala Mada Sibero |
spellingShingle |
Subagiyo Subagiyo Retna Handayani Rahayu Rahayu Triandala Mada Sibero Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI Mitokondrial Jurnal Kelautan Tropis crab Trituberous Portunus barcoding gen COI rajungan |
author_facet |
Subagiyo Subagiyo Retna Handayani Rahayu Rahayu Triandala Mada Sibero |
author_sort |
Subagiyo Subagiyo |
title |
Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI Mitokondrial |
title_short |
Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI Mitokondrial |
title_full |
Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI Mitokondrial |
title_fullStr |
Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI Mitokondrial |
title_full_unstemmed |
Identifikasi dan Analisis Filogenetik Portunus trituberculatus Dari Perairan Cirebon Menggunakan Barkode Gen COI Mitokondrial |
title_sort |
identifikasi dan analisis filogenetik portunus trituberculatus dari perairan cirebon menggunakan barkode gen coi mitokondrial |
publisher |
Diponegoro University |
series |
Jurnal Kelautan Tropis |
issn |
1410-8852 2528-3111 |
publishDate |
2018-12-01 |
description |
Phylogenetic Identification and Analysis Portunus trituberculatus from Cirebon Coast Using the COI Barcode Mitochondrial
Portunus trituberculatus spesimen from Cirebon coast were successfully identified using mitochondrial DNA cytochrome c oxydase subunit I (COI) genes. Analysis of haplotype distribution of P. trituberculatus along with the same species from China, Korea, India and the Philippines obtained from NCBI gene banks resulted 17 haplotypes from 25 specimens. Haploid diversity was 0.943 + 0.031 and nucleotide diversity was 0.04821 + 0.0139. The Cirebon specimen is in separated haplotipe from the others. The results of phylogenetic analysis showed that the 25 specimens were clustered into 3 clusters in 2 different lineages with percentages genetic distance were 12.76%, 14.24% and 14.33% respectively. The genetic distance within each cluster ranges from 0 - 2.92%. The Cirebon crab specimen is in the same cluster as the Philippine specimen with 1% genetic distance.
Spesimen rajungan Portunus trituberculatus dari perairan Cirebon berhasil diidentifikasi menggunakan gen mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I (COI). Analisis distribusi haplotipe dengan data P trituberculatus yang berasal dari China, Korea, India dan Filipina yang diperoleh dari data genebank NCBI didapatkan 17 haplotipe dari 25 spesimen, dengan keragaman haploid 0,943 +0.031 dan keragaman nukleotida 0,04821+0.0139. Spesimen Cirebon merupakan haplotipe yang terpisah dari yang lainnya. Hasil kajian filogenetik menunjukkan 25 spesimen mengelompok ke dalam 3 kluster dari 2 garis keturunan yang berbeda dengan jarak genetik berturut turut 12,76 %, 14,24 % dan 14,33 %. Jarak genetik di dalam masing-masing kluster berkisar antara 0 – 2,92 %. Spesimen rajungan Cirebon berada pada garis keturunan dan kluster yang sama dengan spesimen Filipina dengan jarak genetik 1%. |
topic |
crab Trituberous Portunus barcoding gen COI rajungan |
url |
https://ejournal2.undip.ac.id/index.php/jkt/article/view/3091 |
work_keys_str_mv |
AT subagiyosubagiyo identifikasidananalisisfilogenetikportunustrituberculatusdariperairancirebonmenggunakanbarkodegencoimitokondrial AT retnahandayani identifikasidananalisisfilogenetikportunustrituberculatusdariperairancirebonmenggunakanbarkodegencoimitokondrial AT rahayurahayu identifikasidananalisisfilogenetikportunustrituberculatusdariperairancirebonmenggunakanbarkodegencoimitokondrial AT triandalamadasibero identifikasidananalisisfilogenetikportunustrituberculatusdariperairancirebonmenggunakanbarkodegencoimitokondrial |
_version_ |
1724903132678324224 |