OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode yang digunakan dalam identifikasi suatu organisme. Identifikasi secara molekular menggunakan metode berbasis PCR perlu dilakukan pada ikan karang Famili Pseudochromidae karena ikan ini mempunyai variasi morfologi warna yang sangat tinggi da...
Main Authors: | , , |
---|---|
Format: | Article |
Language: | English |
Published: |
Universitas Udayana
2015-12-01
|
Series: | Jurnal Biologi Udayana |
Subjects: | |
Online Access: | https://ojs.unud.ac.id/index.php/BIO/article/view/21254 |
id |
doaj-2f809be494734df88786a948e031123c |
---|---|
record_format |
Article |
spelling |
doaj-2f809be494734df88786a948e031123c2020-11-24T21:30:41ZengUniversitas UdayanaJurnal Biologi Udayana1410-52922015-12-0119210.24843/JBIOUNUD.2015.vol19.i02.p0121254OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULARNi Putu Dian Pertiwi0i G.N.K Mahardika1Ni Luh Watiniasih2Program Studi Magister Biologi Universitas Udayana, Denpasar, BaliIndonesian Biodiversity Research Center, Denpasar, BaliJurusan Biologi, Universitas UdayanaPolymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode yang digunakan dalam identifikasi suatu organisme. Identifikasi secara molekular menggunakan metode berbasis PCR perlu dilakukan pada ikan karang Famili Pseudochromidae karena ikan ini mempunyai variasi morfologi warna yang sangat tinggi dan menyulitkan identifikasi morfologi. Metode amplifikasi DNA untuk seluruh spesies ikan anggota famili ini belum banyak dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi optimal untuk amplifikasi DNA menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) pada 25 spesies ikan karang anggota famili Pseudochromidae, yang sebelumnya telah diidentifikasi secara morfologi. Amplifikasi dilakukan pada tiga loki DNA mitokondria, yaitu 16S rRNA, control region dan cytochrome oxidase I (COI). Hasil penelitian menunjukkan kondisi optimum amplifikasi tidak berhubungan dengan perbedaan spesies. Modifikasi amplifikasi dapat dilakukan dengan penambahan volume template DNA dan BSA 1X serta penggantian temperatur annealing; sedangkan pergantian reagen tidak memberikan pengaruh yang signifikan. Penggunaan primer depan CRK untuk amplifikasi lokus control region juga memberikan hasil yang lebih baik.https://ojs.unud.ac.id/index.php/BIO/article/view/21254amplifikasi DNA, metode PCR, Pseudochromidae |
collection |
DOAJ |
language |
English |
format |
Article |
sources |
DOAJ |
author |
Ni Putu Dian Pertiwi i G.N.K Mahardika Ni Luh Watiniasih |
spellingShingle |
Ni Putu Dian Pertiwi i G.N.K Mahardika Ni Luh Watiniasih OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR Jurnal Biologi Udayana amplifikasi DNA, metode PCR, Pseudochromidae |
author_facet |
Ni Putu Dian Pertiwi i G.N.K Mahardika Ni Luh Watiniasih |
author_sort |
Ni Putu Dian Pertiwi |
title |
OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR |
title_short |
OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR |
title_full |
OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR |
title_fullStr |
OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR |
title_full_unstemmed |
OPTIMASI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN METODE PCR (Polymerase Chain Reaction) PADA IKAN KARANG ANGGOTA FAMILI Pseudochromidae (DOTTYBACK) UNTUK IDENTIFIKASI SPESIES SECARA MOLEKULAR |
title_sort |
optimasi amplifikasi dna menggunakan metode pcr (polymerase chain reaction) pada ikan karang anggota famili pseudochromidae (dottyback) untuk identifikasi spesies secara molekular |
publisher |
Universitas Udayana |
series |
Jurnal Biologi Udayana |
issn |
1410-5292 |
publishDate |
2015-12-01 |
description |
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode yang digunakan dalam identifikasi suatu organisme. Identifikasi secara molekular menggunakan metode berbasis PCR perlu dilakukan pada ikan karang Famili Pseudochromidae karena ikan ini mempunyai variasi morfologi warna yang sangat tinggi dan menyulitkan identifikasi morfologi. Metode amplifikasi DNA untuk seluruh spesies ikan anggota famili ini belum banyak dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi optimal untuk amplifikasi DNA menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) pada 25 spesies ikan karang anggota famili Pseudochromidae, yang sebelumnya telah diidentifikasi secara morfologi.
Amplifikasi dilakukan pada tiga loki DNA mitokondria, yaitu 16S rRNA, control region dan cytochrome oxidase I (COI). Hasil penelitian menunjukkan kondisi optimum amplifikasi tidak berhubungan dengan perbedaan spesies. Modifikasi amplifikasi dapat dilakukan dengan penambahan volume template DNA dan BSA 1X serta penggantian
temperatur annealing; sedangkan pergantian reagen tidak memberikan pengaruh yang signifikan. Penggunaan primer depan CRK untuk amplifikasi lokus control region juga memberikan hasil yang lebih baik. |
topic |
amplifikasi DNA, metode PCR, Pseudochromidae |
url |
https://ojs.unud.ac.id/index.php/BIO/article/view/21254 |
work_keys_str_mv |
AT niputudianpertiwi optimasiamplifikasidnamenggunakanmetodepcrpolymerasechainreactionpadaikankaranganggotafamilipseudochromidaedottybackuntukidentifikasispesiessecaramolekular AT ignkmahardika optimasiamplifikasidnamenggunakanmetodepcrpolymerasechainreactionpadaikankaranganggotafamilipseudochromidaedottybackuntukidentifikasispesiessecaramolekular AT niluhwatiniasih optimasiamplifikasidnamenggunakanmetodepcrpolymerasechainreactionpadaikankaranganggotafamilipseudochromidaedottybackuntukidentifikasispesiessecaramolekular |
_version_ |
1725962208788086784 |