بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP
تنوع تعداد کپی (CNV)، از مهمترین تغییرات ساختاری ژنوم، به عنوان منبع مهم تنوع ژنتیکی و فنوتیپی شناخته شده است. هدف از این مطالعه بررسی مقایسهای CNV در گوسفندان نژاد بلوچی با استفاده از الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP بود. تجزیه داده‌ها با استفاده از آرایه تعیین ژنوتیپ SNP50K گوسفندی روی 96 گوسفند...
| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
University of Guilan
2020-05-01
|
| Series: | تحقیقات تولیدات دامی |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://ar.guilan.ac.ir/article_4085_3c5cf42e015560b57ac93e935f5c1aaa.pdf |
| id |
doaj-43bdc07be3ce4bc4ba48ffe0d20fdce0 |
|---|---|
| record_format |
Article |
| spelling |
doaj-43bdc07be3ce4bc4ba48ffe0d20fdce02020-11-25T03:54:04ZfasUniversity of Guilanتحقیقات تولیدات دامی2252-08722538-61072020-05-0191294410.22124/ar.2020.13356.14184085بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNPکبری تقی زاده0محسن قلی زاده1محمد حسین مرادی2قدرت الله رحیمی میانجی3دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساریاستادیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساریاستادیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی، دانشگاه اراکاستاد، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساریتنوع تعداد کپی (CNV)، از مهمترین تغییرات ساختاری ژنوم، به عنوان منبع مهم تنوع ژنتیکی و فنوتیپی شناخته شده است. هدف از این مطالعه بررسی مقایسهای CNV در گوسفندان نژاد بلوچی با استفاده از الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP بود. تجزیه داده‌ها با استفاده از آرایه تعیین ژنوتیپ SNP50K گوسفندی روی 96 گوسفند بلوچی انجام شد. پس از تشخیص CNVها، مناطق تنوع تعداد کپی (CNVRs) با استفاده از برنامه CNVRuler تعیین شدند. در مجموع تعداد 201 و 916 CNV به ترتیب با الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP شناسایی شد. همچنین 91 CNVR (به طول 75/18 تا 7/511 کیلو جفت باز) با الگوریتم PennCNV و 316 CNVR (به طول 7/5 تا 1280 کیلو جفت باز) با الگوریتم QuantiSNP شناسایی شد که به ترتیب در بر‌گیرنده 46/0 و 33/1 درصد از کل ژنوم گوسفند بود. تعداد CNVهای نوع حذف در الگوریتم QuantiSNP حدود پنج برابر و در الگوریتم PennCNV حدود سه برابر بیشتر از تعداد اضافه‌ها بود. همچنین تعداد CNVهای شناسایی شده با الگوریتم QuantiSNP حدود چهار برابر بیشتر بود. میزان 6/86 درصد (174 CNV با متوسط طول 67/122 کیلو جفت باز) از CNVهای شناسایی شده به وسیله الگوریتم PennCNV با CNVهای شناسایی شده در الگوریتم QuantiSNP مطابقت داشتند. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که استفاده از چندین الگوریتم می‌تواند تغییرات ساختاری ژنوم را با دقت بیشتری تشخیص دهد و منجر به درک بهتری از ژنوم گوسفند شود.https://ar.guilan.ac.ir/article_4085_3c5cf42e015560b57ac93e935f5c1aaa.pdfآرایه تعیین ژنوتیپالگوریتم‌های penncnv و quantisnpتغییرات ساختاریتنوع تعداد کپی |
| collection |
DOAJ |
| language |
fas |
| format |
Article |
| sources |
DOAJ |
| author |
کبری تقی زاده محسن قلی زاده محمد حسین مرادی قدرت الله رحیمی میانجی |
| spellingShingle |
کبری تقی زاده محسن قلی زاده محمد حسین مرادی قدرت الله رحیمی میانجی بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP تحقیقات تولیدات دامی آرایه تعیین ژنوتیپ الگوریتمهای penncnv و quantisnp تغییرات ساختاری تنوع تعداد کپی |
| author_facet |
کبری تقی زاده محسن قلی زاده محمد حسین مرادی قدرت الله رحیمی میانجی |
| author_sort |
کبری تقی زاده |
| title |
بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP |
| title_short |
بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP |
| title_full |
بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP |
| title_fullStr |
بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP |
| title_full_unstemmed |
بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP |
| title_sort |
بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های penncnv و quantisnp |
| publisher |
University of Guilan |
| series |
تحقیقات تولیدات دامی |
| issn |
2252-0872 2538-6107 |
| publishDate |
2020-05-01 |
| description |
تنوع تعداد کپی (CNV)، از مهمترین تغییرات ساختاری ژنوم، به عنوان منبع مهم تنوع ژنتیکی و فنوتیپی شناخته شده است. هدف از این مطالعه بررسی مقایسهای CNV در گوسفندان نژاد بلوچی با استفاده از الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP بود. تجزیه داده‌ها با استفاده از آرایه تعیین ژنوتیپ SNP50K گوسفندی روی 96 گوسفند بلوچی انجام شد. پس از تشخیص CNVها، مناطق تنوع تعداد کپی (CNVRs) با استفاده از برنامه CNVRuler تعیین شدند. در مجموع تعداد 201 و 916 CNV به ترتیب با الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP شناسایی شد. همچنین 91 CNVR (به طول 75/18 تا 7/511 کیلو جفت باز) با الگوریتم PennCNV و 316 CNVR (به طول 7/5 تا 1280 کیلو جفت باز) با الگوریتم QuantiSNP شناسایی شد که به ترتیب در بر‌گیرنده 46/0 و 33/1 درصد از کل ژنوم گوسفند بود. تعداد CNVهای نوع حذف در الگوریتم QuantiSNP حدود پنج برابر و در الگوریتم PennCNV حدود سه برابر بیشتر از تعداد اضافه‌ها بود. همچنین تعداد CNVهای شناسایی شده با الگوریتم QuantiSNP حدود چهار برابر بیشتر بود. میزان 6/86 درصد (174 CNV با متوسط طول 67/122 کیلو جفت باز) از CNVهای شناسایی شده به وسیله الگوریتم PennCNV با CNVهای شناسایی شده در الگوریتم QuantiSNP مطابقت داشتند. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که استفاده از چندین الگوریتم می‌تواند تغییرات ساختاری ژنوم را با دقت بیشتری تشخیص دهد و منجر به درک بهتری از ژنوم گوسفند شود. |
| topic |
آرایه تعیین ژنوتیپ الگوریتمهای penncnv و quantisnp تغییرات ساختاری تنوع تعداد کپی |
| url |
https://ar.guilan.ac.ir/article_4085_3c5cf42e015560b57ac93e935f5c1aaa.pdf |
| work_keys_str_mv |
AT ḵbrytqyzạdh brrsytnwʿtʿdạdḵpydrzẖnwmgwsfndạnblwcẖybạạstfạdhạztjzyhmqạyshạyạlgwrytmhạypenncnvwquantisnp AT mḥsnqlyzạdh brrsytnwʿtʿdạdḵpydrzẖnwmgwsfndạnblwcẖybạạstfạdhạztjzyhmqạyshạyạlgwrytmhạypenncnvwquantisnp AT mḥmdḥsynmrạdy brrsytnwʿtʿdạdḵpydrzẖnwmgwsfndạnblwcẖybạạstfạdhạztjzyhmqạyshạyạlgwrytmhạypenncnvwquantisnp AT qdrtạllhrḥymymyạnjy brrsytnwʿtʿdạdḵpydrzẖnwmgwsfndạnblwcẖybạạstfạdhạztjzyhmqạyshạyạlgwrytmhạypenncnvwquantisnp |
| _version_ |
1724475030670147584 |