پیش بینی و تایید in silico ریزRNA ها در بافت های مختلف گوسفند با منشا کروموزوم20

• Main Authors: وحیده عباسی, محمد رضا نصیری, علی جوادمنش
• Format: Article
• Language: fas
• Published: Ferdowsi University of Mashhad 2019-08-01
• Series: پژوهشهای علوم دامی ایران
• Subjects: روش از آغاز; بیوانفورماتیک; ریزrnaها; گوسفند
• Online Access: https://ijasr.um.ac.ir/article_36530_e085966651f210bd34ca7da1660881f8.pdf

در سال­های اخیر با روشن­شدن اهمیت ریزRNAها در فرآیندهای حیاتی بدن موجودات زنده، شناسایی ژن­های ریزRNA اهمیت زیادی پیدا کرده­است از سویی دیگر روش­های بیوانفورماتیکی نیز گسترش یافته و سبب شده تا روند شناسایی ریزRNAها با سرعت بیشتر و هزینه­ی کمتری پیش برود. تحقیقات در سال­های اخیر بر روی گونه­های زیادی از جمله انسان و موش و همچنین حیوانات اهلی از قبیل گاو و بز و مرغ باعث­شده تا در این گونه­ها ریزRNAهای زیادی گزارش شود با این حال در گونه­ی گوسفند هنوز اطلاعات نسبتا کمی وجود ­دارد. در این مطالعه پس از پیش­بینی ریزRNAهای کروموزوم 20 گوسفند، جهت تایید با اورتولوگ­ها در سایر گونه­ها مقایسه و در نهایت برای بررسی بیان از داده­های ترنسکریپتوم گوسفند استفاده شد همچنین در این تحقیق برای ارزیابی روش مورد استفاده از داده­های شاهد مثبت استفاده شد. با استفاده از این روش در کل 400 ریز RNA و از این تعداد 81 ریزRNA جدید در کروموزوم 20 گوسفند پیش­بینی شدند. بررسی ترنسکریپتوم نشان داد که از این تعداد 33 ریزRNA فقط در بافت عضله، 10 ریزRNA فقط در بافت کبد، 35 ریزRNA در هر دو بافت کبد و ماهیچه و 3 ریزRNA نیز در مخلوط بافت­های قلب، کلیه، مغز، تخمدان، پوست، چربی سفید و ریه بیان شدند. مقایسه با پایگاه داده miRbase مشخص کرد که تعداد 64 ریزRNA از ریزRNAهای پیدا شده برای اولین بار گزارش شدند. حساسیت و دقت انتخاب این روش برابر 67 و 95 درصد ارزیابی شد و از این رو می­توان گفت این روش می­تواند به عنوان مکمل روش­های پیش­بینی ریزRNA اطلاعات ارزشمندی را فراهم کند. از این روش می توان برای پیش بینی ریزRNAها در سایر کروموزوم های گوسفند و یا در سایر پستانداران استفاده نمود.