PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA
Hierarchical Clustering Analysis (HCA) telah lama diketahui bermanfaat untuk analisis keragaman hayati mikroorganisme berdasarkan profil protein dari SDS PAGE (sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis). Namun demikian, beragamnya metoda HCA akan menyebabkan keragaman hasil analisis...
Main Authors: | , , |
---|---|
Format: | Article |
Language: | English |
Published: |
Universitas Udayana
2018-02-01
|
Series: | Jurnal Veteriner |
Online Access: | https://ojs.unud.ac.id/index.php/jvet/article/view/19527 |
id |
doaj-5feb238f0b8d4a589bcadb041a11eb14 |
---|---|
record_format |
Article |
spelling |
doaj-5feb238f0b8d4a589bcadb041a11eb142020-11-25T00:37:01ZengUniversitas UdayanaJurnal Veteriner1411-83272477-56652018-02-0118451652510.19087/jveteriner.2017.18.4.51619527PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIADidik Tulus Subekti0Ichwan Yuniarto1Sulinawati Sulinawati2Balai Besar Penelitian Veteriner Bogor, Jl. RE Martadinata No.30, Ciwaringin, Bogor Tengah, Kota Bogor, Jawa Barat 16124Balai Besar Penelitian Veteriner Bogor, Jl. RE Martadinata No.30, Ciwaringin, Bogor Tengah, Kota Bogor, Jawa Barat 16124Balai Veteriner Lampung, Jl. Untung Suropati No.2, Labuhan Ratu, Kedaton, Kota Bandar Lampung, Lampung 35142, IndonesiaHierarchical Clustering Analysis (HCA) telah lama diketahui bermanfaat untuk analisis keragaman hayati mikroorganisme berdasarkan profil protein dari SDS PAGE (sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis). Namun demikian, beragamnya metoda HCA akan menyebabkan keragaman hasil analisis yang berbeda satu dengan lainnya. Oleh sebab itu perlu dievaluasi untuk mengetahui metoda HCA yang paling sesuai untuk menggambarkan keragaman hayati berdasar profil protein isolat T.evansi dari Indonesia. Sebelas isolat yang berasal dari lokasi geografis berbeda dielektroforesis pada SDS PAGE. Selanjutnya profil protein dari SDS PAGE dikonversi menjadi data binari dan dianalisis menggunakan lima metoda HCA yaitu Average Linkage, Complete Linkage, Single Linkage, Ward Linkage dan McQuitty Linkage. Data juga dianalisis dengan multidimensional scaling (MDS) dan densitogram. Hasil analisis menunjukkan bahwa dendrogram dengan metoda Ward Linkage merupakan hasil yang terbaik dan bersesuaian dengan densitogram, MDS dan mampu menggambarkan asal usul isolat secara geografis.https://ojs.unud.ac.id/index.php/jvet/article/view/19527 |
collection |
DOAJ |
language |
English |
format |
Article |
sources |
DOAJ |
author |
Didik Tulus Subekti Ichwan Yuniarto Sulinawati Sulinawati |
spellingShingle |
Didik Tulus Subekti Ichwan Yuniarto Sulinawati Sulinawati PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA Jurnal Veteriner |
author_facet |
Didik Tulus Subekti Ichwan Yuniarto Sulinawati Sulinawati |
author_sort |
Didik Tulus Subekti |
title |
PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA |
title_short |
PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA |
title_full |
PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA |
title_fullStr |
PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA |
title_full_unstemmed |
PERBANDINGAN METODE HIERARCHICAL CLUSTER ANALYSIS UNTUK ANALISIS KERAGAMAN HAYATI BERDASARKAN PROFIL PROTEIN Trypanosoma evansi DARI INDONESIA |
title_sort |
perbandingan metode hierarchical cluster analysis untuk analisis keragaman hayati berdasarkan profil protein trypanosoma evansi dari indonesia |
publisher |
Universitas Udayana |
series |
Jurnal Veteriner |
issn |
1411-8327 2477-5665 |
publishDate |
2018-02-01 |
description |
Hierarchical Clustering Analysis (HCA) telah lama diketahui bermanfaat untuk analisis keragaman hayati mikroorganisme berdasarkan profil protein dari SDS PAGE (sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis). Namun demikian, beragamnya metoda HCA akan menyebabkan keragaman hasil analisis yang berbeda satu dengan lainnya. Oleh sebab itu perlu dievaluasi untuk mengetahui metoda HCA yang paling sesuai untuk menggambarkan keragaman hayati berdasar profil protein isolat T.evansi dari Indonesia. Sebelas isolat yang berasal dari lokasi geografis berbeda dielektroforesis pada SDS PAGE. Selanjutnya profil protein dari SDS PAGE dikonversi menjadi data binari dan dianalisis menggunakan lima metoda HCA yaitu Average Linkage, Complete Linkage, Single Linkage, Ward Linkage dan McQuitty Linkage. Data juga dianalisis dengan multidimensional scaling (MDS) dan densitogram. Hasil analisis menunjukkan bahwa dendrogram dengan metoda Ward Linkage merupakan hasil yang terbaik dan bersesuaian dengan densitogram, MDS dan mampu menggambarkan asal usul isolat secara geografis. |
url |
https://ojs.unud.ac.id/index.php/jvet/article/view/19527 |
work_keys_str_mv |
AT didiktulussubekti perbandinganmetodehierarchicalclusteranalysisuntukanalisiskeragamanhayatiberdasarkanprofilproteintrypanosomaevansidariindonesia AT ichwanyuniarto perbandinganmetodehierarchicalclusteranalysisuntukanalisiskeragamanhayatiberdasarkanprofilproteintrypanosomaevansidariindonesia AT sulinawatisulinawati perbandinganmetodehierarchicalclusteranalysisuntukanalisiskeragamanhayatiberdasarkanprofilproteintrypanosomaevansidariindonesia |
_version_ |
1725302910726701056 |