شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم
شترهای دوکوهانه یکی از مقاومترین گونه‌های حیوانی در برابر شرایط سخت محیطی به شمار می‌روند که تعداد آنها در ایران در محدوده خطر قرار گرفته است. شناخت هر چه بهتر و دقیق‌تر این گونه، به خصوص در سطح مطالعات ژنومی، می‌تواند از طریق طراحی برنامه‌های مدیریت تنوع ژنتیکی، به حفظ این گونه کمک کند. هدف از انجا...
| Main Authors: | , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
Ferdowsi University of Mashhad
2021-04-01
|
| Series: | پژوهشهای علوم دامی ایران |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://ijasr.um.ac.ir/article_37030_00bb349f02b75ea4b0f99c417b0b250f.pdf |
| id |
doaj-7b73d691760948fcb52ac721a617b00a |
|---|---|
| record_format |
Article |
| spelling |
doaj-7b73d691760948fcb52ac721a617b00a2021-05-26T04:45:39ZfasFerdowsi University of Mashhadپژوهشهای علوم دامی ایران2008-31062423-40012021-04-0113115116010.22067/ijasr.v13i1.8508837030شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنومناهیده زارع0نعمت هدایت ایوریق1رضا سیدشریفی2رضا خلخالی3آزاده بوستان4گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایرانگروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایرانگروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایراندکتری ژنتیک و اصلاح دام و طیور- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایرانگروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران.شترهای دوکوهانه یکی از مقاومترین گونه‌های حیوانی در برابر شرایط سخت محیطی به شمار می‌روند که تعداد آنها در ایران در محدوده خطر قرار گرفته است. شناخت هر چه بهتر و دقیق‌تر این گونه، به خصوص در سطح مطالعات ژنومی، می‌تواند از طریق طراحی برنامه‌های مدیریت تنوع ژنتیکی، به حفظ این گونه کمک کند. هدف از انجام این مطالعه شناسایی ریزماهوارههای ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم بود. در مطالعه حاضر از تعداد شش نفر شتر دوکوهانه متعلق به استان اردبیل خونگیری صورت گرفت. توالییابی کامل ژنوم شترهای دوکوهانه با استفاده از پلتفرم ایلومینا و به صورت دو انتها (Paired-end) با اندازه 100 جفت باز از هر طرف انجام شد. بعد از پالایش کیفی خوانش‌ها، گردآوری از نو آنها صورت گرفته و با استفاده از برنامه MISA به شناسایی تمام ریزماهوارههای ژنوم‌های مورد مطالعه پرداخته شد. اندازه ژنوم‌های گردآوری شده برای شترهای دوکوهانه مورد مطالعه، در محدوده Gb 90/1 برای نمونه یک تا Gb 97/1 برای نمونه سه قرار داشت. مقدار N50 مربوط به کانتیگهای ایجاد شده برای شترهای دوکوهانه ایرانی از kb 1/19 برای نمونه یک تا kb 7/51 برای نمونه پنج متغیر بود. ریزماهوارههای شناسایی شده در اندازه یک تا هشت نوکلئوتید بودند. کل ریزماهوارههای شناسایی شده برای نمونههای شترهای دوکوهانه ایرانی در محدوده 136028 برای نمونه دو تا 539555 برای نمونه سه قرار داشت. همچنین با شناسایی ریزماهوارههای هفت گونه پستاندار دیگر در این مطالعه، به مقایسه نتایج به دست آمده آنها با شتر دوکوهانه ایرانی پرداخته شد.https://ijasr.um.ac.ir/article_37030_00bb349f02b75ea4b0f99c417b0b250f.pdfایرانتوالی‌یابی کل ژنومریزماهواره‌شتر دوکوهانه |
| collection |
DOAJ |
| language |
fas |
| format |
Article |
| sources |
DOAJ |
| author |
ناهیده زارع نعمت هدایت ایوریق رضا سیدشریفی رضا خلخالی آزاده بوستان |
| spellingShingle |
ناهیده زارع نعمت هدایت ایوریق رضا سیدشریفی رضا خلخالی آزاده بوستان شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم پژوهشهای علوم دامی ایران ایران توالییابی کل ژنوم ریزماهواره شتر دوکوهانه |
| author_facet |
ناهیده زارع نعمت هدایت ایوریق رضا سیدشریفی رضا خلخالی آزاده بوستان |
| author_sort |
ناهیده زارع |
| title |
شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم |
| title_short |
شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم |
| title_full |
شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم |
| title_fullStr |
شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم |
| title_full_unstemmed |
شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم |
| title_sort |
شناسایی کل ریزماهواره‌ها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم |
| publisher |
Ferdowsi University of Mashhad |
| series |
پژوهشهای علوم دامی ایران |
| issn |
2008-3106 2423-4001 |
| publishDate |
2021-04-01 |
| description |
شترهای دوکوهانه یکی از مقاومترین گونه‌های حیوانی در برابر شرایط سخت محیطی به شمار می‌روند که تعداد آنها در ایران در محدوده خطر قرار گرفته است. شناخت هر چه بهتر و دقیق‌تر این گونه، به خصوص در سطح مطالعات ژنومی، می‌تواند از طریق طراحی برنامه‌های مدیریت تنوع ژنتیکی، به حفظ این گونه کمک کند. هدف از انجام این مطالعه شناسایی ریزماهوارههای ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم بود. در مطالعه حاضر از تعداد شش نفر شتر دوکوهانه متعلق به استان اردبیل خونگیری صورت گرفت. توالییابی کامل ژنوم شترهای دوکوهانه با استفاده از پلتفرم ایلومینا و به صورت دو انتها (Paired-end) با اندازه 100 جفت باز از هر طرف انجام شد. بعد از پالایش کیفی خوانش‌ها، گردآوری از نو آنها صورت گرفته و با استفاده از برنامه MISA به شناسایی تمام ریزماهوارههای ژنوم‌های مورد مطالعه پرداخته شد. اندازه ژنوم‌های گردآوری شده برای شترهای دوکوهانه مورد مطالعه، در محدوده Gb 90/1 برای نمونه یک تا Gb 97/1 برای نمونه سه قرار داشت. مقدار N50 مربوط به کانتیگهای ایجاد شده برای شترهای دوکوهانه ایرانی از kb 1/19 برای نمونه یک تا kb 7/51 برای نمونه پنج متغیر بود. ریزماهوارههای شناسایی شده در اندازه یک تا هشت نوکلئوتید بودند. کل ریزماهوارههای شناسایی شده برای نمونههای شترهای دوکوهانه ایرانی در محدوده 136028 برای نمونه دو تا 539555 برای نمونه سه قرار داشت. همچنین با شناسایی ریزماهوارههای هفت گونه پستاندار دیگر در این مطالعه، به مقایسه نتایج به دست آمده آنها با شتر دوکوهانه ایرانی پرداخته شد. |
| topic |
ایران توالییابی کل ژنوم ریزماهواره شتر دوکوهانه |
| url |
https://ijasr.um.ac.ir/article_37030_00bb349f02b75ea4b0f99c417b0b250f.pdf |
| work_keys_str_mv |
AT nạhydhzạrʿ sẖnạsạyyḵlryzmạhwạrhhạdrzẖnwmsẖtrhạydwḵwhạnhạyrạnybạạstfạdhạzdạdhhạytwạlyyạbyḵlzẖnwm AT nʿmthdạytạywryq sẖnạsạyyḵlryzmạhwạrhhạdrzẖnwmsẖtrhạydwḵwhạnhạyrạnybạạstfạdhạzdạdhhạytwạlyyạbyḵlzẖnwm AT rḍạsydsẖryfy sẖnạsạyyḵlryzmạhwạrhhạdrzẖnwmsẖtrhạydwḵwhạnhạyrạnybạạstfạdhạzdạdhhạytwạlyyạbyḵlzẖnwm AT rḍạkẖlkẖạly sẖnạsạyyḵlryzmạhwạrhhạdrzẖnwmsẖtrhạydwḵwhạnhạyrạnybạạstfạdhạzdạdhhạytwạlyyạbyḵlzẖnwm AT ậzạdhbwstạn sẖnạsạyyḵlryzmạhwạrhhạdrzẖnwmsẖtrhạydwḵwhạnhạyrạnybạạstfạdhạzdạdhhạytwạlyyạbyḵlzẖnwm |
| _version_ |
1721426527096143872 |