Detección molecular y tipificación del virus dengue por RT-PCR y PCR anidada usando oligonucleótidos mejorados

• Main Authors: José A. Usme-Ciro, Alba M. Gómez-Castañeda, Juan C. Gallego-Gómez
• Format: Article
• Language: English
• Published: Universidad del Norte 2012-01-01
• Series: Salud Uninorte
• Subjects: rt; pcr; pcr anidada; oligonucleótidos degenerados; tipificación; virus dengue; detección molecular
• Online Access: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=81724108002
• ISSN: 0120-5552; 2011-7531

Objetivo: Modificar los oligonucleótidos comúnmente utilizados para la detección y tipificación del virus dengue y evaluar su desempeño sobre ARNs provenientes de muestras clínicas. Materiales y métodos: A partir del alineamiento de secuencias disponibles en el GenBank para la región C-prM/M se determinó la variabilidad genética dentro de cada serotipo del virus dengue, lo cual permitió realizar modificaciones a los oligonucleótidos convencionalmente usados en la tipificación. Tales modificaciones incluyeron la adición y eliminación de nucleótidos en el extremo 3¿, teniendo en cuenta la posición del codón, así como la inclusión de sitios degenerados en posiciones altamente variables. Los oligonucleótidos se evaluaron a diferentes concentraciones sobre ARNs extraídos a partir de cultivos celulares infectados y posteriormente de sueros de pacientes con diagnóstico probable de dengue. Resultados: Los oligonucleótidos amplificaron específicamente cada serotipo del virus dengue, tanto desde sobrenadantes de cultivo como desde muestras clínicas en prueba piloto. Conclusiones: El rediseño de los oligonucleótidos consideró la variabilidad genética acumulada en más de 15 años, mostrándose experimentalmente su valor y utilidad en la detección y tipificación del virus dengue.