IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI STREPTOCOCCUS YANG BERASOSIASI DENGAN IKAN KERAPU YANG DIPERJUALBELIKAN DI PASAR-PASAR IKAN DI BALI

• Main Authors: I.B. Oka Suyasa, I.G.N.K. Mahardika, Yan Ramona
• Format: Article
• Language: English
• Published: Universitas Udayana 2015-02-01
• Series: Jurnal Biologi Udayana
• Subjects: ikan Kerapu, Streptococcus sp., 16S rRNA, Bali
• Online Access: http://ojs.unud.ac.id/index.php/BIO/article/view/12089

<p>Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri <em>Streptococcus</em> sp. yang berasosiasi pada ikan Kerapu dengan menggunakan teknik-teknik molekuler <em>Polymerase Chain Reaction</em> (PCR) agar diperoleh identitas <em>definitive</em> bakteri tersebut. Dalam penelitian ini, sekuen 16S RNA marker dari bakteri-bakteri tersebut dijadikan target untuk diamplifikasi dengan metode PCR. Sekuensing produk PCR dilakukan di Berkeley <em>Sequencing Facility</em>, USA. Hasil sekuen nukleotida yang diperoleh selanjutnya di <em>aligned</em> dan di BLAST dengan menggunakan <em>software</em> MEGA 5.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasi sebanyak dua spesies bakteri <em>Streptococcus</em> (sementara diberi nama <em>Streptococcus</em> sp. isolat A dan B). <em>Streptococcus</em> sp. isolat A ditemukan pada semua lokasi pengambilan sampel ikan, sementara itu isolat B hanya ditemukan pada ikan yang diambil dari pasar ikan Karangasem. Berdasarkan nilai <em>Haplotype Diversity </em>(HD) nya, variasi genetik bakteri <em>Streptococcus</em> sp. pada ikan Kerapu tergolong sangat rendah.</p>