اثر افزایش تعداد ماده های جمعیت مرجع و نشانگرهای امپیوت شده بر قابلیت اعتماد پیش بینی ژنومی گاوهای جرسی

• Main Authors: داود کریمی, مجتبی طهمورث پور, محمد دادپسند, علی اصغر اسلمی نژاد, مونز ساندو لوند
• Format: Article
• Language: fas
• Published: Ferdowsi University of Mashhad 2013-12-01
• Series: پژوهشهای علوم دامی ایران
• Subjects: ارزیابی ژنومی; جمعیت مرجع; امپیوت; تراکم نشانگر; گاو شیری
• Online Access: https://ijasr.um.ac.ir/article_34092_9d349d78f7869cdda902d3e066d1fe77.pdf

هدف از این تحقیق، ارزیابی صحت حاصل از امپیوت الگوی نشانگری کم تراکم (بطور میانگین در 10 تکرار 6640 نشانگر) به الگوی نشانگری تراکم متوسط در جمعیت شبیه سازی شده گاو جرسی با استفاده از نرم افزار FImpute و ارزیابی قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی برآورد شده برای دو صفت تولید شیر (40/0=2h) و باروری (04/0=2h) بر اساس تعداد مختلف ماده های جمعیت مرجع بود. نهصد رأس گاو نر که براساس الگوی نشانگری تراکم متوسط (K50) تعیین ژنوتیپ شده بودند، به منظور ارزیابی صحت امپیوت تعداد مختلف ماده های جمعیت مرجع بکار گرفته شدند. نه سناریو برای پیش بینی ارزش اصلاحی ژنومی 3000 حیوان تصادفی انتخاب شده جمعیت آزمون (1000 حیوان در هر نسل) طراحی و ارزیابی شد. میانگین صحت امپیوت ژنوتیپ ماده ها به الگوی تراکم متوسط 64/98 درصد بود. با توجه به میزان بالای نرخ امپیوت نشانگرها تنها یک درصد اختلاف بین ارزش اصلاحی ژنومی پیش بینی شده حاصل از نشانگرهای K50 در مقایسه با نشانگرهای امپیوت شده وجود داشت. با توجه به این اختلاف جزیی و از آنجا که هزینه تعیین ژنوتیپ یک حیوان بر مبنای الگوی تراکم متوسط دو برابر الگوی کم تراکم است، توصیه می شود که تمام نرهای پروف شده نسل مرجع براساس الگوی K50تعیین ژنوتیپ شده و همه ماده ها به الگوی تراکم متوسط امپیوت شوند تا علاوه بر دستیابی به صحت بالای پیش بینی ارزش اصلاحی ژنومی برای هر دو صفت، بتوان با کاهش چشمگیر هزینه تعیین ژنوتیپ، تعداد حیوانات بیشتری را در جمعیت مرجع بکار برد که خود منجر به افزایش اطلاعات فنوتیپی، شجره ای و ژنتیکی و در نهایت صحت پیش بینی ژنومی می شود.