Molecular characterization of ruminal bacterial diversity in vitro = Caracterização molecular da diversidade bacteriana ruminal in vitro

• Main Authors: Humberto Maciel França Madeira, Dante Pazzanese Duarte Lanna, Laudí Cunha Leite, Rafael Dutra de Armas, Jane Eyre Gabriel, Kárita Cláudia Freitas
• Format: Article
• Language: English
• Published: Editora da Universidade Estadual de Maringá (Eduem) 2008-04-01
• Series: Acta Scientiarum: Animal Sciences
• Subjects: 16S rRNA; DGGE; rumen; microbial diversity; rúmen; diversidade microbiana
• Online Access: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/4699/3193

PCR analysis is a sensitive and specific tool to detect and monitormicroorganisms in complex environmental samples. The amplification of 16S ribosomal DNA sequences followed by gel electrophoresis under denaturing gradient (DGGE) has been a powerful technique to genetically evaluate microbial ecosystems. Changes in rumenmicrobial populations were investigated in vitro using a basal diet with different lipid sources. PCRs were performed with two different sets of primers in order to amplify 16S rRNA sequences, and the amplified fragments were submitted to DGGE analysis. The findings presented in this study show that distinct microbial communities were present in each treatment. The presence of soybean oil seems to maximize growth of bacterial population, whereas fish oil appears to reduce growth. We demonstrated the successful application of molecular ecological techniques to analyze the structure and composition of bacterial communities in rumen ecosystems.<br><br>A análise por PCR fornece um meio sensível e específico para detectar e monitorar microrganismos em amostras ambientais complexas. Desde sua aplicação inicial, o DNA ribossomal 16S (rRNA) em eletroforese com gel com gradiente desnaturante (DGGE), tem sido uma técnica atrativa para a ecologia molecular microbiana. Foram investigadas mudanças na população microbiana no rúmen, a partir de alterações da dieta com tratamentos in vitro de diferentes fontes de lipídeos. ODGGE foi testado com dois pares de primers para o rRNA 16S. O uso do fragmento de 200 pb gerou um perfil de bandas mais discriminatório, mostrando que diferentes comunidades microbianas estavam presentes entre os tratamentos in vitro analisados. A presença de óleo de sojapotencializou o crescimento da população bacteriana, enquanto que óleo de peixe parece ter reduzido esse crescimento. Foi possível demonstrar o sucesso da aplicação de técnicas moleculares para analisar a estrutura e a composição de comunidades bacterianas presentes no ecossistema ruminal.