آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین
آنزیم آسپارتات کیناز یکی از آنزیم‌های کلیدی و حساس در متابولیسم تولید لیزین در طیف وسیعی از جانوران بخصوص گونه‌های مختلف میکروارگانیسم کورینه باکتریوم می‌باشد. هدف از این تحقیق بررسی بیوانفورماتیکی آنزیم آسپارتات کیناز در گونه‌های مختلف کورینه باکتریوم توسط پایگاه های معتبر می‌باشد تا بهترین ساختار...
| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
Ferdowsi University of Mashhad
2020-01-01
|
| Series: | پژوهشهای علوم دامی ایران |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://ijasr.um.ac.ir/article_36683_6e88579e0d4afbfa9fec242134cf3f8d.pdf |
| id |
doaj-f9e75b0c4e03475c8355c04d5755760e |
|---|---|
| record_format |
Article |
| spelling |
doaj-f9e75b0c4e03475c8355c04d5755760e2021-04-07T03:56:46ZfasFerdowsi University of Mashhadپژوهشهای علوم دامی ایران2008-31062423-40012020-01-0111450151210.22067/ijasr.v11i4.7975836683آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزینمرتضی هاشمی عطار0محمدرضا نصیری1علی جوادمنش2بهار نیری فسایی3دانشگاه فردوسی مشهددانشگاه فردوسی مشهددانشگاه فردوسی مشهددانشگاه تهرانآنزیم آسپارتات کیناز یکی از آنزیم‌های کلیدی و حساس در متابولیسم تولید لیزین در طیف وسیعی از جانوران بخصوص گونه‌های مختلف میکروارگانیسم کورینه باکتریوم می‌باشد. هدف از این تحقیق بررسی بیوانفورماتیکی آنزیم آسپارتات کیناز در گونه‌های مختلف کورینه باکتریوم توسط پایگاه های معتبر می‌باشد تا بهترین ساختار بیوانفورماتیکی آنزیم آسپارتات کیناز به منظور استفاده برای تولید لیزین در مقیاس صنعتی پیشنهاد شود. ویژگی های تکاملی، فیزیولوژیکی و فیزیکوشیمیایی آنزیم آسپارتات کیناز در 33 گونه مختلف کورینه باکتریوم توسط پایگاه ها و نرم افزارهای MEGA 6.6، ProtScale و ProtParam مورد بررسی قرار گرفت. سپس ساختار سه بعدی پروتئین‌های مذکور به روش هومولوژی و با استفاده از سرور Swiss-Model مدل سازی شد و ارزیابی کیفیت مدل های بدست آمده پس از بهینه سازی انرژی با استفاده از ابزار Rampage صورت گرفت. نتایج تجزیه و تحلیل درخت تکاملی نشان دادند که زمان اشتقاق پروتئین آسپارتات کیناز در 33 گونه کورینه باکتریوم مورد مطالعه، بسیار بهم نزدیک می‌باشد. نتایج بررسی پایگاه های ProtScale و ProtParam نشان داد که آنزیم آسپارتات کیناز در گونه کورینه باکتریوم گلوتامیکوم با شماره دستیابی CAO00530.1 و SJM57548.1 دارای بهترین خواص فیزیکوشیمیایی و بیشترین پایداری می‌باشند. سپس با بررسی های بیشتر توسط سرور Swiss-Model و ابزار Rampage مشخص شد که دو پروتیئن CAO00530.1 و SJM57548.1 دارای بهترین ساختار سه بعدی می‌باشند. از نتایج آنالیز in silico به دست آمده می‌توان چنین استنباط نمود که احتمالا آنزیم آسپارتات کیناز با شماره های دستیابی بالا دارای بهترین خواص فیزیکو شیمیایی، بیشترین پایداری و همچنین بهترین ساختار سه بعدی نسبت به دیگر پروتئین‌های مورد بررسی در این مطالعه بود. این یافته ها می تواند برای بهترین نوع آنزیم آسپارتات کیناز به منظور تولید نوترکیب در شرایط آزمایشگاهی مفید باشد.https://ijasr.um.ac.ir/article_36683_6e88579e0d4afbfa9fec242134cf3f8d.pdfآسپارتات کینازبیوانفورماتیککورینه باکتریوملیزین |
| collection |
DOAJ |
| language |
fas |
| format |
Article |
| sources |
DOAJ |
| author |
مرتضی هاشمی عطار محمدرضا نصیری علی جوادمنش بهار نیری فسایی |
| spellingShingle |
مرتضی هاشمی عطار محمدرضا نصیری علی جوادمنش بهار نیری فسایی آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین پژوهشهای علوم دامی ایران آسپارتات کیناز بیوانفورماتیک کورینه باکتریوم لیزین |
| author_facet |
مرتضی هاشمی عطار محمدرضا نصیری علی جوادمنش بهار نیری فسایی |
| author_sort |
مرتضی هاشمی عطار |
| title |
آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین |
| title_short |
آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین |
| title_full |
آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین |
| title_fullStr |
آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین |
| title_full_unstemmed |
آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین |
| title_sort |
آنالیز ساختاری آنزیم آسپارتات کیناز در کورینه باکتریوم به منظور پیشنهاد بهترین ساختار آنزیم جهت افزایش تولید صنعتی اسید آمینه لیزین |
| publisher |
Ferdowsi University of Mashhad |
| series |
پژوهشهای علوم دامی ایران |
| issn |
2008-3106 2423-4001 |
| publishDate |
2020-01-01 |
| description |
آنزیم آسپارتات کیناز یکی از آنزیم‌های کلیدی و حساس در متابولیسم تولید لیزین در طیف وسیعی از جانوران بخصوص گونه‌های مختلف میکروارگانیسم کورینه باکتریوم می‌باشد. هدف از این تحقیق بررسی بیوانفورماتیکی آنزیم آسپارتات کیناز در گونه‌های مختلف کورینه باکتریوم توسط پایگاه های معتبر می‌باشد تا بهترین ساختار بیوانفورماتیکی آنزیم آسپارتات کیناز به منظور استفاده برای تولید لیزین در مقیاس صنعتی پیشنهاد شود. ویژگی های تکاملی، فیزیولوژیکی و فیزیکوشیمیایی آنزیم آسپارتات کیناز در 33 گونه مختلف کورینه باکتریوم توسط پایگاه ها و نرم افزارهای MEGA 6.6، ProtScale و ProtParam مورد بررسی قرار گرفت. سپس ساختار سه بعدی پروتئین‌های مذکور به روش هومولوژی و با استفاده از سرور Swiss-Model مدل سازی شد و ارزیابی کیفیت مدل های بدست آمده پس از بهینه سازی انرژی با استفاده از ابزار Rampage صورت گرفت. نتایج تجزیه و تحلیل درخت تکاملی نشان دادند که زمان اشتقاق پروتئین آسپارتات کیناز در 33 گونه کورینه باکتریوم مورد مطالعه، بسیار بهم نزدیک می‌باشد. نتایج بررسی پایگاه های ProtScale و ProtParam نشان داد که آنزیم آسپارتات کیناز در گونه کورینه باکتریوم گلوتامیکوم با شماره دستیابی CAO00530.1 و SJM57548.1 دارای بهترین خواص فیزیکوشیمیایی و بیشترین پایداری می‌باشند. سپس با بررسی های بیشتر توسط سرور Swiss-Model و ابزار Rampage مشخص شد که دو پروتیئن CAO00530.1 و SJM57548.1 دارای بهترین ساختار سه بعدی می‌باشند. از نتایج آنالیز in silico به دست آمده می‌توان چنین استنباط نمود که احتمالا آنزیم آسپارتات کیناز با شماره های دستیابی بالا دارای بهترین خواص فیزیکو شیمیایی، بیشترین پایداری و همچنین بهترین ساختار سه بعدی نسبت به دیگر پروتئین‌های مورد بررسی در این مطالعه بود. این یافته ها می تواند برای بهترین نوع آنزیم آسپارتات کیناز به منظور تولید نوترکیب در شرایط آزمایشگاهی مفید باشد. |
| topic |
آسپارتات کیناز بیوانفورماتیک کورینه باکتریوم لیزین |
| url |
https://ijasr.um.ac.ir/article_36683_6e88579e0d4afbfa9fec242134cf3f8d.pdf |
| work_keys_str_mv |
AT mrtḍyhạsẖmyʿṭạr ậnạlyzsạkẖtạryậnzymậspạrtạtḵynạzdrḵwrynhbạḵtrywmbhmnẓwrpysẖnhạdbhtrynsạkẖtạrậnzymjhtạfzạysẖtwlydṣnʿtyạsydậmynhlyzyn AT mḥmdrḍạnṣyry ậnạlyzsạkẖtạryậnzymậspạrtạtḵynạzdrḵwrynhbạḵtrywmbhmnẓwrpysẖnhạdbhtrynsạkẖtạrậnzymjhtạfzạysẖtwlydṣnʿtyạsydậmynhlyzyn AT ʿlyjwạdmnsẖ ậnạlyzsạkẖtạryậnzymậspạrtạtḵynạzdrḵwrynhbạḵtrywmbhmnẓwrpysẖnhạdbhtrynsạkẖtạrậnzymjhtạfzạysẖtwlydṣnʿtyạsydậmynhlyzyn AT bhạrnyryfsạyy ậnạlyzsạkẖtạryậnzymậspạrtạtḵynạzdrḵwrynhbạḵtrywmbhmnẓwrpysẖnhạdbhtrynsạkẖtạrậnzymjhtạfzạysẖtwlydṣnʿtyạsydậmynhlyzyn |
| _version_ |
1721536836095967232 |