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Previous issue date: 2011 === The species Brachyteles arachnoides, popularly known as southern muriqui, is considered the largest neotropical primate and currently listed as endangered, nevertheless no molecular population genetics study has been done so far in the southern muriqui. Here we analyze the phylogeography pattern, genetic diversity and demographic history of this species using sequences from part of the mtDNA Control Region and 14 microsatellites. The mtDNA showed a high genetic diversity and no clear evidence of geographical structuring. Moreover we showed that there was a population expansion around 15 thousand years ago and there is no concrete evidence of population decline. As well as in analysis with mtDNA, the microsatellites also showed no geographical structure, groups were not clearly defined and recent population decline was not evident. The lack of geographical structure was expected, mainly for mtDNA data, since females are known to disperse from their natal group, moreover the social groups are formed by male and females without an apparent hierarchy. For the other hand, as the microsatellites usually respond more rapidly to more recent fragmentation it would be expected they showed some evidence of structure caused by the recent fragmentation of Atlantic Forest, which was not observed. Similar results were also observed with the northern muriqui (Brachyteles hypoxanthus) that is critically endangered and occurs in more fragmented areas. === A espécie Brachyteles arachnoides, popularmente conhecido como muriqui do sul, é considerado o maior primata da América Latina e listado atualmente como estando ameaçado de extinção, apesar disso, até o momento, não existem estudos moleculares de genética de população a seu respeito. Aqui nós analisamos o padrão filogeográfico, diversidade genética e história demográfica da espécie utilizando sequências de parte da Região Controle do mtDNA e 14 loci de microssatélites. O mtDNA mostrou uma alta diversidade genética e nenhum indício claro de estruturação geográfica. Além disso, mostrou-se que houve uma expansão populacional há cerca de 15 mil anos atrás e não há nenhuma evidência concreta de declínio populacional. Assim como nas análises com mtDNA, os microssatélites também mostraram falta de estruturação geográfica, ausência de grupos definidos e nenhuma evidência de declínio populacional recente. A ausência de estruturação geográfica era esperada, principalmente para os dados de mtDNA, visto que as fêmeas são conhecidas por migrarem do seu grupo natal, além disso os grupos sociais de muriqui são formados por machos e fêmeas sem uma hierarquia aparente. Por outro lado, como os loci de microssatélite usualmente respondem rapidamente à fragmentação recente, seria esperado que eles mostrassem alguma evidência de estruturação causada pela recente fragmentação na Mata Atlântica, o que não foi observado. Resultados semelhantes também foram encontrados com o muriqui do norte (Brachyteles hypoxanthus) que está criticamente ameaçado e ocorre em áreas mais fragmentadas.
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