Electrostaticanalisys the Ras active site
La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta...
Main Author: | |
---|---|
Other Authors: | |
Format: | Doctoral Thesis |
Language: | English |
Published: |
Universitat Pompeu Fabra
2009
|
Subjects: | |
Online Access: | http://hdl.handle.net/10803/7161 http://nbn-resolving.de/urn:isbn:9788469248263 |
id |
ndltd-TDX_UPF-oai-www.tdx.cat-10803-7161 |
---|---|
record_format |
oai_dc |
collection |
NDLTD |
language |
English |
format |
Doctoral Thesis |
sources |
NDLTD |
topic |
dinàmica centre actiu relacions d'estructura activitat preorganització reorganització estat de transició estat actiu estabilitat electrostàtica interacción proteïna-proteïna test de ranks de Wilcoxon P-loop G1 motif HVR metastability RMSD substrate assisted catalysis sequence alignment beta sheet helix Z-test wilcoxon rank test protein-protein interactions electrostatic stability active state dynamics signal transduction electrostatic stabilization ras effectors guanine exchange factor GTPase-activating proteins quantum mechanics/molecular PDLD/S-LRA X-ray crystallography solvation energy free energy perturbation statistical analysis GTP hydrolysis guanosine diphosphate guanosine triphosphate computer simulation thermodynamics protein conformation electrostatics interruptor II interruptor I llaç P motiu G1 HVR (regions altament variables) metaestabilita RMSD catàlisi assistida pel substrat aliniament de seqüència fulla beta hèlix test Z transducció del senyal estabilització electrostàtica efectors de ras factor de bescamvi de guanina proteïnes activadores de l'activitat mecànica quàntica/mecànica PDLD/S-LRA cristalografia de raigs X energia de solvatació perturbació de l'energia lliure anàlisi estadística hidròlisi de GTP difosfat de guanosina trifosfat de guanosina simulació computacional termodinàmica conformació proteïca electrostàtica switch-I switch-II 537 576 |
spellingShingle |
dinàmica centre actiu relacions d'estructura activitat preorganització reorganització estat de transició estat actiu estabilitat electrostàtica interacción proteïna-proteïna test de ranks de Wilcoxon P-loop G1 motif HVR metastability RMSD substrate assisted catalysis sequence alignment beta sheet helix Z-test wilcoxon rank test protein-protein interactions electrostatic stability active state dynamics signal transduction electrostatic stabilization ras effectors guanine exchange factor GTPase-activating proteins quantum mechanics/molecular PDLD/S-LRA X-ray crystallography solvation energy free energy perturbation statistical analysis GTP hydrolysis guanosine diphosphate guanosine triphosphate computer simulation thermodynamics protein conformation electrostatics interruptor II interruptor I llaç P motiu G1 HVR (regions altament variables) metaestabilita RMSD catàlisi assistida pel substrat aliniament de seqüència fulla beta hèlix test Z transducció del senyal estabilització electrostàtica efectors de ras factor de bescamvi de guanina proteïnes activadores de l'activitat mecànica quàntica/mecànica PDLD/S-LRA cristalografia de raigs X energia de solvatació perturbació de l'energia lliure anàlisi estadística hidròlisi de GTP difosfat de guanosina trifosfat de guanosina simulació computacional termodinàmica conformació proteïca electrostàtica switch-I switch-II 537 576 Khan, Abdul Kareem Electrostaticanalisys the Ras active site |
description |
La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta manera el valor de l'energia dactivació g cat. S'ha proposat que aquesta preorientació electrostática s'hauria de poder mostrar analitzant l'estabilitat electrostàtica de residus individuals en el centre actiu.Ras es una proteïna essencial de senyalització i actúa com un interruptor cel.lular. Les característiques estructurals de Ras en el seu estat actiu (ON) són diferents de les que té a l'estat inactiu (OFF). En aquesta tesi es duu a terme una anàlisi exhaustiva de l'estabilitat dels residus del centre actiu deRas en l'estat actiu i inactiu. === The electrostatic preorganization of the active site has been put forward as the general framework of action of enzymes. Thus, enzymes would position "strategic" residues in such a way to be prepared to catalyze reactions byinteracting in a stronger way with the transition state, in this way decreasing the activation energy g cat for the catalytic process. It has been proposed thatsuch electrostatic preorientation should be shown by analyzing the electrostatic stability of individual residues in the active site.Ras protein is an essential signaling molecule and functions as a switch in thecell. The structural features of the Ras protein in its active state (ON state) are different than those in its inactive state (OFF state). In this thesis, an exhaustive analysis of the stability of residues in the active and inactive Ras active site is performed. |
author2 |
Villà i Freixa, Jordi |
author_facet |
Villà i Freixa, Jordi Khan, Abdul Kareem |
author |
Khan, Abdul Kareem |
author_sort |
Khan, Abdul Kareem |
title |
Electrostaticanalisys the Ras active site |
title_short |
Electrostaticanalisys the Ras active site |
title_full |
Electrostaticanalisys the Ras active site |
title_fullStr |
Electrostaticanalisys the Ras active site |
title_full_unstemmed |
Electrostaticanalisys the Ras active site |
title_sort |
electrostaticanalisys the ras active site |
publisher |
Universitat Pompeu Fabra |
publishDate |
2009 |
url |
http://hdl.handle.net/10803/7161 http://nbn-resolving.de/urn:isbn:9788469248263 |
work_keys_str_mv |
AT khanabdulkareem electrostaticanalisystherasactivesite |
_version_ |
1716592775508525056 |
spelling |
ndltd-TDX_UPF-oai-www.tdx.cat-10803-71612013-07-11T03:41:52ZElectrostaticanalisys the Ras active siteKhan, Abdul Kareemdinàmicacentre actiurelacions d'estructura activitatpreorganitzacióreorganitzacióestat de transicióestat actiuestabilitat electrostàticainteracción proteïna-proteïnatest de ranks de WilcoxonP-loopG1 motifHVRmetastabilityRMSDsubstrate assisted catalysissequence alignmentbeta sheethelixZ-testwilcoxon rank testprotein-protein interactionselectrostatic stabilityactive statedynamicssignal transductionelectrostatic stabilizationras effectorsguanine exchange factorGTPase-activating proteinsquantum mechanics/molecularPDLD/S-LRAX-ray crystallographysolvation energyfree energy perturbationstatistical analysisGTP hydrolysisguanosine diphosphateguanosine triphosphatecomputer simulationthermodynamicsprotein conformationelectrostaticsinterruptor IIinterruptor Illaç Pmotiu G1HVR (regions altament variables)metaestabilitaRMSDcatàlisi assistida pel substrataliniament de seqüènciafulla betahèlixtest Ztransducció del senyalestabilització electrostàticaefectors de rasfactor de bescamvi de guaninaproteïnes activadores de l'activitatmecànica quàntica/mecànicaPDLD/S-LRAcristalografia de raigs Xenergia de solvatacióperturbació de l'energia lliureanàlisi estadísticahidròlisi de GTPdifosfat de guanosinatrifosfat de guanosinasimulació computacionaltermodinàmicaconformació proteïcaelectrostàticaswitch-Iswitch-II537576La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta manera el valor de l'energia dactivació g cat. S'ha proposat que aquesta preorientació electrostática s'hauria de poder mostrar analitzant l'estabilitat electrostàtica de residus individuals en el centre actiu.Ras es una proteïna essencial de senyalització i actúa com un interruptor cel.lular. Les característiques estructurals de Ras en el seu estat actiu (ON) són diferents de les que té a l'estat inactiu (OFF). En aquesta tesi es duu a terme una anàlisi exhaustiva de l'estabilitat dels residus del centre actiu deRas en l'estat actiu i inactiu.The electrostatic preorganization of the active site has been put forward as the general framework of action of enzymes. Thus, enzymes would position "strategic" residues in such a way to be prepared to catalyze reactions byinteracting in a stronger way with the transition state, in this way decreasing the activation energy g cat for the catalytic process. It has been proposed thatsuch electrostatic preorientation should be shown by analyzing the electrostatic stability of individual residues in the active site.Ras protein is an essential signaling molecule and functions as a switch in thecell. The structural features of the Ras protein in its active state (ON state) are different than those in its inactive state (OFF state). In this thesis, an exhaustive analysis of the stability of residues in the active and inactive Ras active site is performed.Universitat Pompeu FabraVillà i Freixa, JordiUniversitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut2009-03-05info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/7161urn:isbn:9788469248263TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)engADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccess |