DetectingTransientBindinginHATHDomainofHDGFbyNMRParamagneticRelaxationEnhancement

• Main Author: 林尚錡
• Other Authors: Sue, Shin-Che
• Format: Others
• Language: en_US
• Published: 2010
• Online Access: http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/nmtesj

碩士 === 國立清華大學 === 生物資訊與結構生物研究所 === 98 === 肝癌衍生生長因子 (HDGF) 從肝癌細胞株的培養液被發現而且已在許多組織中被發現。細胞外提供的 HDGF 能夠被胞吞進入細胞質中，且可被運送到細胞核內進一步促進細胞的增生，位於蛋白質 N 端的 HATH domain 能藉由結合細胞膜上的硫酸乙酰肝素 (heparan sulfate) 來進行胞吞作用，使得 HDGF 能夠進入細胞。先前已經知道許多生長因子能以形成二聚體的方式作用，例如: 纖維細胞生長因子 (FGF)，因此我們研究在 HATH domain 在水溶液下是否具有形成二聚體的能力。在研究中我們使用電子順磁的弛緩增強 (PRE) 方法來觀測這個作用。藉由在原有的半胱氨酸 12 的位置接上電子順磁分子 (spin label)，來測量順磁中心及觀察原子核間的距離。結果發現，在 1H-15N HSQC 光譜下的 PRE 實驗，計算出的結果不完全與理論計算的結果一致，其中 PRE 的效應在N端、C端、loop2 和 loop3 的區域，實驗值明顯高於理論值。在實驗利用混合15N-labeled HATH 和 nitroxide spin labeling HATH 可以進一步區分出分子間的作用。藉由此實驗，我們瞭解實驗值與理論值不吻合的原因來自 HATH domain 具有分子間的作用，同時肝素分子會進一步加強了這個 PRE 效應。雖然目前沒有生化方法測量到穩定的二聚體，但從較靈敏的 PRE 計算，我們的結果顯示水溶液中HATH domain 具有瞬間作用的能力。目前已知道 heparin 片段超過10-12 residues， 能有效的阻止 HATH 進入細胞的作用，這個大小剛好是 HATH domain Heparin 結合區的兩倍大小，這個 HATH 分子間結合的能力指出了與 heparin 結合時形成二聚體的可能。